Ce projet automatise le traitement de fichiers génomiques en découpant des séquences FASTA et en exécutant des requêtes BLAST en parallèle. Il permet d'optimiser les analyses génomiques en réduisant le temps de calcul grâce à une parallélisation efficace sur des infrastructures de calcul haute performance comme SLURM. Destiné aux chercheurs et laboratoires en biologie moléculaire, il facilite l'exploration de grandes bases de données génétiques.

Splitfastq est un outil en ligne de commande conçu pour fragmenter des fichiers FASTQ, utilisés en génomique pour stocker des séquences d'ADN. Il permet de diviser ces fichiers en sous-ensembles de données, facilitant ainsi leur traitement parallèle par des logiciels comme bwa. L'outil est particulièrement utile pour accélérer les analyses de séquençage en répartissant la charge de calcul sur plusieurs processus.

Le projet wgs_gatk est un pipeline de traitement de données de séquençage d'ADN en mode paired-end Illumina. Il permet de passer des données brutes au format fastq à un fichier vcf contenant les variations génétiques identifiées, en suivant les bonnes pratiques de GATK. Le pipeline est géré par Snakemake et utilise SLURM pour l'exécution parallélisée des tâches.