Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

Le projet culebront_pipeline est dédié à l'assemblage et l'analyse de génomes à partir de lectures longues. Il offre des fonctionnalités d'analyse et de visualisation de données génomiques, permettant une meilleure compréhension des données et facilitant la prise de décision dans le domaine de la génomique.

Ce projet permet la détection de variations génétiques et l'analyse de données génomiques grâce à des méthodes statistiques. Il propose également une visualisation claire des résultats grâce à des graphiques et des représentations adaptées.

OMICS-CATALOG est un outil basé sur un pipeline Nextflow qui implémente une session de navigateur de génomes pour visualiser les données omiques et met en place un catalogue interactif de génomes basé sur l'outil de visualisation de données Keshif. Le catalogue fournit la liste des organismes modèles disponibles, ainsi que les métadonnées telles que la lignée, la version du génome, le soumetteur, etc. Pour visualiser les données omiques des organismes modèles, le catalogue donne accès à la session du navigateur de génomes, qui est implémentée en utilisant le visualiseur JBrowse2.

RattleSNP est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, proposant un workflow snakemake pour le mapping de données simples ou appariées. Il offre des fonctionnalités de visualisation de données biologiques grâce à matplotlib et tabulate, ainsi qu'une gestion optimisée des dépendances grâce à biopython, numpy et pandas.

Pop-Genomics est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet de gérer des workflows de génomique et offre des fonctionnalités avancées de visualisation de données.

ChIPflowR est un package R dédié à l'analyse de données de séquençage de génomes, en particulier pour l'identification de pics d'enrichissement dans les données de ChIP-seq. Il s'appuie sur plusieurs packages R tels que DESeq2, limma, knitr, ggplot2, et offre une interface conviviale pour l'analyse et la visualisation des données.

Mcgdb-seqdiag est un projet dédié à la gestion et l'analyse de données génomiques, offrant une visualisation de séquences de bases et facilitant la collaboration entre les utilisateurs. Il permet de gérer et d'analyser des données génomiques de manière efficace et intuitive.

Thaliadb est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données de recherche en biologie, en particulier dans le domaine de la génomique. Elle offre des fonctionnalités avancées pour l'exploration et l'interprétation des données, ainsi que des outils de collaboration pour faciliter le travail en équipe.

Rsamtools_graph est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet d'étudier les interactions entre gènes et de détecter des variations structurales dans les génomes.