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Pertinence
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- Notoriété 15 %La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo analyse les données de séquençage à haut débit pour extraire les jonctions V(D)J et les regrouper en clones. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactive des clones et de leur évolution dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut également être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients pour le stockage des données et des métadonnées, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.
- La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo permet d'extraire des jonctions V(D)J et de les regrouper en clones à partir de données de séquençage à haut débit. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactives des clones et de leur suivi dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients permettant le stockage de données et de métadonnées séquence, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.
- Ce projet concerne l'architecture d'un système basé sur Kafka, développé par Confluent, comprenant un broker, Kafka-connect, un schema-registry, un control-center, et kafka-rest-proxy. Il permet de faire transiter des données de différents types d'applications/systèmes de base de données vers Kafka et vice versa, de gérer la cohérence des données, de visualiser l'état du cluster et ses métadonnées, et d'accéder au métadonnées du cluster via une API REST.
- OMICS-CATALOG est un outil basé sur un pipeline Nextflow qui implémente une session de navigateur de génomes pour visualiser les données omiques et met en place un catalogue interactif de génomes basé sur l'outil de visualisation de données Keshif. Le catalogue fournit la liste des organismes modèles disponibles, ainsi que les métadonnées telles que la lignée, la version du génome, le soumetteur, etc. Pour visualiser les données omiques des organismes modèles, le catalogue donne accès à la session du navigateur de génomes, qui est implémentée en utilisant le visualiseur JBrowse2.
- Notoriété 10 %Le projet udata-meta a pour but de fournir une plateforme centralisée pour la gestion des métadonnées des jeux de données ouvertes. Il facilite la gestion des données en permettant aux utilisateurs de les centraliser, de les organiser et de les enrichir, améliorant ainsi leur découverte et leur réutilisation. Le projet vise également à fournir des fonctionnalités avancées telles que la recherche en texte intégral, la visualisation des données et l'intégration avec d'autres outils et plateformes.
- ToolDirectory est un outil permettant d'afficher de manière conviviale une liste de logiciels dans une page web, avec des capacités de filtrage de données dynamiques. Il utilise le visualiseur Katalog pour l'affichage web, qui nécessite simplement un fichier '.csv' contenant les métadonnées des logiciels à utiliser pour la visualisation.
- GeoNetwork est une application open-source permettant de gérer, rechercher et partager des métadonnées géospatiales. Il offre une interface web conviviale pour l'édition et la visualisation des métadonnées, ainsi qu'un moteur de recherche puissant pour trouver des données géographiques pertinentes. GeoNetwork prend en charge les normes OGC-CSW 2.0.2 ISO Profile, OAI-PMH et SRU, et offre un système de contrôle d'accès fin-grained avec gestion des utilisateurs et des groupes. Il est également multilingue.
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