Outil bioinformatique dédié à l'analyse des réseaux de co-expression de gènes (WGCNA). Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'identifier des modules de gènes corrélés, d'étudier leurs relations fonctionnelles et de visualiser les résultats sous forme de réseaux. Utilisé principalement en recherche médicale et en biologie systémique pour comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à des maladies ou des processus biologiques.

Projet dédié à l'analyse quantitative et qualitative des correspondances de Marcel Proust. Il permet d'étudier les volumes de lettres par année ou destinataire, les cooccurrences de termes, les spécificités lexicales, et les réseaux de mentions entre correspondants. Les outils développés facilitent l'import dans des logiciels d'analyse textuelle comme TXM et génèrent des visualisations pour soutenir la recherche en littérature et linguistique.

Ce projet vise à rassembler des ressources et des outils utiles pour l'analyse de données de cellules simples. Il fournit des liens vers des bases de données telles que l'Atlas d'expression de cellules simples de l'EBI et PanglaoDB, ainsi que des outils d'analyse tels que Seurat, Monocle et SCENIC Suite. Ces outils permettent l'analyse, la visualisation et l'interprétation des données d'expression génique à l'échelle cellulaire unique, ainsi que l'inférence des réseaux de régulation des gènes et l'identification des sous-types cellulaires.

Ce projet évalue la scalabilité des réseaux LPWAN (Low Power Wide Area Network) dans le contexte des applications de villes intelligentes. Il permet de reproduire les résultats d'une étude scientifique en analysant des jeux de données réels, comme les données de taxis de New York et les capteurs de stationnement de Melbourne. Les outils développés simulent des déploiements de réseaux et génèrent des graphiques pour visualiser les performances et les limites des technologies LPWAN.

Ce projet consiste en une collection de notebooks Jupyter, de fichiers R et Python dédiés à l'analyse et à la visualisation des données d'un étude sur les neurones projetant dans le bulbe olfactif de la souris. Le référentiel contient des analyses transcriptomiques standard de neurones projetants, une inférence de réseaux de gènes régulateurs, une analyse de réseaux de gènes régulateurs et une simulation de données unicellulaires à partir de données de séquençage d'ARN en vrac.

Ce projet propose des composants web pour afficher et interagir avec des données biologiques et des réseaux métaboliques. Il permet de visualiser des informations structurées comme les métabolites, enzymes ou gènes, et facilite l'exploration de données issues de bases de données biologiques ou fournies localement. Les outils intégrés offrent des fonctionnalités de filtrage, de sélection et d'analyse pour soutenir la recherche en bioinformatique.

Ce projet permet de reproduire des expériences visant à détecter des réinitialisations dans les réseaux de régulation génique à partir de données d'expression génique unicellulaire. Il fournit des outils pour analyser des jeux de données biologiques et générer des visualisations associées, facilitant ainsi la recherche en biologie computationnelle et en génomique.

Mimoza est une bibliothèque Python permettant la visualisation et la navigation dans les modèles métaboliques. Elle représente le réseau métabolique dans un format SBML et le généralise pour détecter les métabolites et réactions similaires. Mimoza crée une carte zoomable à 3 niveaux : le niveau détaillé représente le réseau initial avec une disposition basée sur la généralisation, le niveau intermédiaire montre les versions généralisées des réactions et métabolites dans chaque compartiment, et le niveau général représente les compartiments et les réactions de transport entre eux.

Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

Metabograph est une bibliothèque Python conçue pour générer des réseaux métaboliques à partir de données BioPAX, notamment issues de la base Reactome. Elle permet de créer des graphes de voies biologiques pour des espèces spécifiques, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des interactions moléculaires. Les graphes générés peuvent être utilisés pour des applications variées comme l'entraînement de réseaux de neurones graphiques ou l'export vers des outils de visualisation comme Gephi.