Annuaire des initiatives
Pertinence
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- CHaMP est une application RShiny qui charge une liste de masses de composés à partir d'une analyse de twin-peaks et construit un réseau de différences de masse à partir duquel est extrait le composant connexe contenant une masse d'intérêt. Il fournit une visualisation de réseau de la sous-réseau qui englobe les réactions métaboliques et spontanées potentielles qui mènent aux produits de dégradation/métabolisation.
- Mimoza est une bibliothèque Python permettant la visualisation et la navigation dans les modèles métaboliques. Elle représente le réseau métabolique dans un format SBML et le généralise pour détecter les métabolites et réactions similaires. Mimoza crée une carte zoomable à 3 niveaux : le niveau détaillé représente le réseau initial avec une disposition basée sur la généralisation, le niveau intermédiaire montre les versions généralisées des réactions et métabolites dans chaque compartiment, et le niveau général représente les compartiments et les réactions de transport entre eux.
- PathModel est un outil d'inférence de voies métaboliques qui permet de déduire des voies métaboliques à partir de données brutes, en utilisant des algorithmes d'inférence ab initio. Il offre également des fonctionnalités de visualisation des réseaux métaboliques et d'identification des réactions clés dans ces voies.
- Ce projet est un site web dédié à la modélisation de réseaux métaboliques pour l'édition 2024. Il permet aux utilisateurs de simuler et d'analyser des scénarios métaboliques, ainsi que de visualiser des résultats expérimentaux. Il est basé sur Nuxt.js et utilise Vuetify pour l'interface utilisateur.
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