Outil dédié à la visualisation et à l'analyse interactive de données génomiques directement dans un environnement Jupyter Notebook. Permet de superposer des annotations génomiques (comme des fichiers GFF) avec des séquences ADN (fichiers FASTA) pour créer des graphiques personnalisés et faciliter l'exploration des génomes.

Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données génomiques, notamment les variations nucléotidiques (SNPs) et les délétions dans des génomes bactériens. Il permet de comparer des souches, d'identifier des mutations, de générer des cartes génomiques interactives et d'exporter des données pour des analyses approfondies. Utilisé principalement en recherche microbiologique et épidémiologie.

OMICS-CATALOG est un outil basé sur un pipeline Nextflow qui implémente une session de navigateur de génomes pour visualiser les données omiques et met en place un catalogue interactif de génomes basé sur l'outil de visualisation de données Keshif. Le catalogue fournit la liste des organismes modèles disponibles, ainsi que les métadonnées telles que la lignée, la version du génome, le soumetteur, etc. Pour visualiser les données omiques des organismes modèles, le catalogue donne accès à la session du navigateur de génomes, qui est implémentée en utilisant le visualiseur JBrowse2.

Bioviz-js est une bibliothèque JavaScript dédiée à la visualisation de données biologiques complexes. Elle permet aux chercheurs et biologistes de représenter des génomes, des cladogrammes, des QTL et d'autres données génétiques sous forme de graphiques interactifs. L'outil facilite l'analyse et l'interprétation des données pour des applications en génomique, phylogénie et biologie moléculaire.

Rsamtools_graph est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet d'étudier les interactions entre gènes et de détecter des variations structurales dans les génomes.

Application dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques. Elle permet aux utilisateurs d'explorer des pics sur des graphiques, de modifier interactivement les visualisations et de comparer des régions génomiques. Les données sont stockées et traitées en format HDF5, offrant une gestion efficace des informations génomiques.

D-GENIES est un outil open source permettant de comparer de grands jeux de séquences génomiques via des dot plots interactifs. Il génère des visualisations synthétiques pour identifier les répétitions, les ruptures et les inversions dans les génomes. L'application permet de trier les séquences, zoomer sur les graphiques et exporter des fichiers d'alignement ou de séquences au format image ou texte.

Orthomam Pelican est un projet de recherche visant à identifier les corrélations génomiques associées à divers phénotypes chez les mammifères. Il propose des annotations de phénotypes discrets et continus, ainsi que des outils d'analyse pour l'enrichissement fonctionnel et la visualisation de données phylogénétiques. Les résultats sont accessibles via des scripts dédiés et des carnets de notes interactifs.

Ce projet est une bibliothèque de composants web open source dédiée à la visualisation et à l'analyse de données biologiques issues de mappings métaboliques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des rapports graphiques interactifs pour explorer les enrichissements, les réactions et les voies métaboliques, facilitant ainsi l'interprétation des résultats d'études génomiques ou métabolomiques.