Mimoza est une bibliothèque Python permettant la visualisation et la navigation dans les modèles métaboliques. Elle représente le réseau métabolique dans un format SBML et le généralise pour détecter les métabolites et réactions similaires. Mimoza crée une carte zoomable à 3 niveaux : le niveau détaillé représente le réseau initial avec une disposition basée sur la généralisation, le niveau intermédiaire montre les versions généralisées des réactions et métabolites dans chaque compartiment, et le niveau général représente les compartiments et les réactions de transport entre eux.

CHaMP est une application RShiny qui charge une liste de masses de composés à partir d'une analyse de twin-peaks et construit un réseau de différences de masse à partir duquel est extrait le composant connexe contenant une masse d'intérêt. Il fournit une visualisation de réseau de la sous-réseau qui englobe les réactions métaboliques et spontanées potentielles qui mènent aux produits de dégradation/métabolisation.