This project is a repository that compares long-reads metagenomic assemblers and analyzes metagenomic data. It includes scripts to check the quality of the reads, fetch the sequencer used, assemble metagenomes using different tools, polish the assemblies, calculate the coverage, and check the quality of the assemblies. The pipeline is defined using Snakemake and can be run on a cluster with slurm and conda support.

Fasta-box est un ensemble d'outils permettant de compter, fusionner, diviser, remplacer et convertir des fichiers FASTA et FASTQ. Il est compatible avec plusieurs systèmes d'exploitation et peut être utilisé en ligne de commande.

SoDyOnStack est un outil d'analyse des dynamiques sociales sur Stack Overflow. Il adopte une approche interdisciplinaire, combinant l'Informatique et la Sociologie, pour l'introspection des choix de conception de systèmes sociotechniques en identifiant les processus de solidarité limitée où des échanges cohésifs créent des liens coopératifs.

GRIS est un outil bioinformatique conçu pour calculer des indices de similarité entre ensembles de gènes ou de protéines. Il permet d'évaluer la parenté entre deux jeux de données protéiques en utilisant des méthodes comme le wGRR (weighted Gene Repertoire Relatedness), le coefficient de Sørensen-Dice ou l'indice de Jaccard. Ces calculs reposent sur l'identification de paires de protéines réciproquement les meilleures (BBH) via des analyses de type BLAST. L'outil est particulièrement utile pour comparer des génomes, des prophages ou des ensembles de protéines dans un contexte de recherche génomique ou évolutive.

Application web permettant de manipuler le modèle de différenciation de genre publié par S. Huet, F. Garguilo et F. Pratto en 2020. Il s'agit d'un modèle d'opinion dynamique qui combine des processus de vanité et de propagation d'opinion.

Script Bash minimaliste permettant la mise à jour des bases de données GeoIP de MaxMind avec une détection automatique des nouvelles versions et un minimum de dépendances.

Scripts de préparation à l'importation de données dans le processus d'intégration de Signaux Faibles. Ils génèrent un document JSON destiné à être inséré dans la collection `Admin` de la base de données, à partir de fichiers de données mis à disposition dans un répertoire.

Le pipeline ProGenomes télécharge les ensembles de données souhaités à partir de la base de données représentative proGenome et les divise en fichiers indépendants (un par génome). Il fournit des ensembles de données génomiques représentatifs non redondants, y compris les génomes de la plus haute qualité de chaque cluster d'espèces specI.

Outil Unix simple permettant de décrire une liste de nombres, typiquement issus de commandes comme `seq`, sous forme de règles compréhensibles. Il facilite l'inspection visuelle et la vérification de séquences numériques en les reformulant de manière compacte ou détaillée. Idéal pour analyser des sorties de scripts ou des données générées automatiquement.

Xen est un logiciel de virtualisation open-source permettant de créer des machines virtuelles isolées et sécurisées. Il est utilisé pour virtualiser des systèmes d'exploitation, offrant une gestion centralisée des configurations et une isolation sécurisée des systèmes invités.