Bedtools est un ensemble d'utilitaires puissants pour l'arithmétique génomique. Ces outils permettent un large éventail de tâches d'analyse génomique, en particulier les opérations ensemblistes sur le génome. Bedtools permet d'intersecter, de fusionner, de compter, de compléter et de mélanger des intervalles génomiques à partir de plusieurs fichiers dans des formats de fichiers génomiques courants tels que BAM, BED, GFF/GTF et VCF.