clari-te

CLARI-TE est un programme Perl qui permet d'annoter des transposable elements dans des séquences génomiques en post-traitant les fichiers xm générés par RepeatMasker. Il permet de classer les familles de transposable elements et de localiser les LTR retrotransposons.

Dépôt de code

https://forgemia.inra.fr/umr-gdec/clari-te (nouvelle fenêtre)

Cas d'utilisation métiers

Localisation des LTR retrotransposons : rechercher des initiatives proches
Classification de familles de transposable elements : rechercher des initiatives proches
Annotation de transposable elements basée sur RepeatMasker : rechercher des initiatives proches
Post-traitement de fichiers xm de RepeatMasker : rechercher des initiatives proches

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
    - Établissements d'enseignement et de recherche - Ministère chargé de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
      - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement - Paris
        Centres de recherche régionaux de l'INRAE (organisation rattachée)

Outil utilisé

Perl : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi

Description générée le mardi 19 mars 2024 à 15:39:57

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