Freebayes est un détecteur de variantes génétiques bayésien conçu pour trouver de petits polymorphismes, en particulier les SNPs (polymorphismes nucléotidiques simples), les indels (insertions et délétions), les MNPs (polymorphismes nucléotidiques multiples) et les événements complexes plus petits que la longueur d'un alignement d'une séquence à lecture courte.