check_sequencing

Ce projet vérifie l'intégrité des séquences à paire d'extrémités en comptant le nombre de lignes dans les fichiers fastq1 et fastq2 et en effectuant une vérification md5sum. Il est basé sur Snakemake et prend en charge plusieurs fichiers fastq pour chaque échantillon.

Dépôt de code

https://forgemia.inra.fr/gafl/pipelines_snakemake/check_sequencing (nouvelle fenêtre)

Cas d'utilisation métiers

Vérification d'intégrité de séquençage à paire d'extrémités : rechercher des initiatives proches
Calcul du nombre de lignes dans des fichiers fastq1 et fastq2 : rechercher des initiatives proches
Vérification md5sum pour des fichiers fastq : rechercher des initiatives proches

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
    - Établissements d'enseignement et de recherche - Ministère chargé de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
      - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement - Paris
        Centres de recherche régionaux de l'INRAE (organisation rattachée)

Outil utilisé

YAML : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi

Description générée le mardi 19 mars 2024 à 20:11:16

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