Le projet gatk4 est un package bioinformatique utilisé pour l'identification de variations génétiques, telles que les SNPs et les indels, dans les données d'équ consequences germline et RNAseq. Il inclut des utilitaires pour le traitement et le contrôle de qualité des données d'équ consequences, ainsi que le populaire kit d'outils Picard. Sa portée s'étend maintenant à l'appel de variations somatiques courtes et à la gestion des variations du nombre de copies (CNV) et des variations structurales (SV).