Minigraph est un mappeur séquence-à-graphique et constructeur de graphes. Il aligne une séquence de requête contre un graphe de séquence et incrémente progressivement un graphe existant avec des sous-séquences longues divergentes du graphe. Il emprunte des idées et du code à minimap2 et peut construire un graphe à partir de 90 assemblages humains en quelques jours en utilisant 24 cœurs de processeur.