Le pipeline wf-illumina-nf permet d'effectuer le contrôle qualité de données issues de séquenceurs Illumina. Il s'utilise après le pipeline NGS_Illumina qui réalise le démultiplexage des données brutes. Le pipeline wf-illumina-nf requiert cinq éléments en entrée : un dossier avec des fichiers fastq par projet, le fichier SampleSheet.csv, le dossier des sorties Nextflow, le fichier de paramètres params.config et le fichier de configuration fastqScreen.