CLARI-TE_smk

Notoriété 7 %

CLARI-TE_smk est un pipeline Snakemake pour l'annotation génomique à grande échelle de TEs de génomes *Triticeae* basé sur RepeatMasker et CLARI-TE. Il est conçu pour fonctionner sur un cluster HPC avec slurm et effectue des calculs distribués pour annoter simultanément les TEs de différents chromosomes d'un génome. Il crée finalement un fichier d'annotation gff3.

Dépôt de code

https://forgemia.inra.fr/umr-gdec/clari-te_smk (nouvelle fenêtre)1 étoiles

Cas d'utilisation métiers

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
    - Établissements d'enseignement et de recherche - Ministère chargé de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
      - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement - Paris
        Centres de recherche régionaux de l'INRAE (organisation rattachée)

Outils utilisés

Description générée le lundi 18 mars 2024 à 00:17:18

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