Ce projet contient un workflow conçu pour extraire des taxa de microorganismes, leurs habitats et leurs phénotypes à partir de textes et les catégoriser en utilisant des taxons de la NCBI taxonomy et des concepts de l'OntoBiotope ontology. Il utilise des textes téléchargés à partir des banques de données CIRMS, GenBank, DSMZ et PubMed. Le workflow est composé de six pipelines qui représentent des processus de text mining reposant sur des plans AlvisNLP et des outils supplémentaires. Il est conçu pour alimenter la base de données Omnicrobe avec des connaissances riches en text mining liées à la flore microbienne alimentaire.