swim-infer
Code compagnon à la publication 'Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy', Ravel et al. Il contient deux notebooks : le premier implémente des trajectoires de bactéries nageant dans un biofilm synthétique, infère les paramètres du modèle et compare les résultats avec les données synthétiques d'origine ; le second notebook reproduit le graphique 2 de l'article à partir des images post-traitées de microscopie.
Cas d'utilisation métiers
Cas d'utilisation fonctionnel
Organisation
- Centres de recherche régionaux de l'INRAE (organisation rattachée)
Outils utilisés
- NumPy : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- IPython : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Tornado : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- AIOHTTP : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Matplotlib : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Pandas : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Pillow : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- SciPy : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Jupyter : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
Description générée le dimanche 17 mars 2024 à 19:55:40
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