spécifics_syntenymcscanx

Ce projet est un pipeline Nextflow permettant d'identifier les gènes orthologues entre plusieurs génomes et de détecter les blocs de synténie à l'aide des outils OrthoFinder et MCScanX. Il prend en entrée des fichiers FASTA et GFF3 ou des protéines et GFF3, et produit des résultats détaillés sur l'organisation génomique comparée.

Dépôt de code

https://forgemia.inra.fr/geapsi/pipeline/specifics_syntenymcscanx (nouvelle fenêtre)

Cas d'utilisation métiers

Recherche de blocs de synténie entre génomes : rechercher des initiatives proches
Visualisation de l'organisation génomique comparée : rechercher des initiatives proches
Analyse de gènes orthologues entre génomes : rechercher des initiatives proches

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
    - Établissements d'enseignement et de recherche - Ministère chargé de l’Agriculture, de l'Agro-alimentaire et de la Souveraineté alimentaire
      - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement - Paris
        Centres de recherche régionaux de l'INRAE (organisation rattachée)

Outil utilisé

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Description générée le mardi 19 mars 2024 à 15:38:26

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