Logiciel open source fournissant une interface graphique efficace pour le traitement de spectres RMN à partir de données métabolomiques 1D, axé sur une interface interactive pour la visualisation des spectres, facilitant ainsi leur traitement.

SISPPEO est un package Python open source avec une interface de ligne de commande (CLI) permettant d'extraire des informations synthétiques utiles pour l'observation de la Terre (eau et terre) a partir d'images satellites optiques. Il est conçu pour fonctionner avec des images provenant de divers satellites, tels que Sentinel-2/MSI, Sentinel-3/OLCI et Landsat 8/OLI.

RCaNmodel est un package R dédié à la modélisation de réseaux trophiques basée sur une approche Chance et Nécessité. Il permet de construire, valider et explorer des modèles de réseaux trophiques en prenant en compte l'incertitude et les lois physiques. Il offre également des fonctionnalités d'analyse de données écologiques et de simulation de dynamiques de populations.

Ce projet est une formation pratique sur le text-mining et la reconnaissance d'entités nommées (REN) à partir de textes scientifiques. Les participants apprennent à utiliser AlvisNLP, un outil de composition de workflows en text-mining développé par l'équipe Bibliome de l'unité MaIAGE, pour effectuer une première approche de l'application de text-mining. La formation s'adresse à des chercheurs et ingénieurs en informatique ou en maths-info-stats appliquées ou en bioinformatique.

Ce projet est issu d'un hackathon en data science. Il fournit des ressources pour l'analyse et la visualisation de données, ainsi que des tutoriels pour le développement d'applications web interactives et l'initiation à l'apprentissage automatique, en utilisant les langages R et Python.

Easy16S est une application web interactive conçue pour faciliter l'exploration, la visualisation et l'analyse de données de microbiome. Elle est construite sur le package R phyloseq et ses extensions, et est intégrée à la suite de traitement de séquences FROGS.

Le projet Named Entity Recognizer (NER) est un script dans CorTexT Manager qui permet l'annotation et la classification d'entités nommées. Il permet également de détecter les émojis et d'obtenir leur description.

RANOMALY est un package R dédié à l'analyse de la diversité microbienne. Il permet de traiter et d'interpréter des données issues de séquençage à haut débit, en particulier pour les gènes 16S et ITS. Il intègre des méthodes statistiques avancées et des algorithmes d'apprentissage automatique pour détecter et caractériser les espèces microbiennes présentes dans un échantillon.

Ce projet contient un workflow conçu pour extraire des taxa de microorganismes, leurs habitats et leurs phénotypes à partir de textes et les catégoriser en utilisant des taxons de la NCBI taxonomy et des concepts de l'OntoBiotope ontology. Il utilise des textes téléchargés à partir des banques de données CIRMS, GenBank, DSMZ et PubMed. Le workflow est composé de six pipelines qui représentent des processus de text mining reposant sur des plans AlvisNLP et des outils supplémentaires. Il est conçu pour alimenter la base de données Omnicrobe avec des connaissances riches en text mining liées à la flore microbienne alimentaire.

Thaliadb est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données de recherche en biologie, en particulier dans le domaine de la génomique. Elle offre des fonctionnalités avancées pour l'exploration et l'interprétation des données, ainsi que des outils de collaboration pour faciliter le travail en équipe.