Ce projet est une initiation à Git, un système de contrôle de version décentralisé. Il permet aux utilisateurs d'apprendre les bases de Git, de gérer leurs versions de code source et de collaborer avec d'autres développeurs. Le projet est intégré à GitLab pour offrir des fonctionnalités avancées telles que la gestion de projets, le suivi des problèmes et le déploiement continu.

BiSePSGUI est une application de bureau permettant d'analyser des données de séquençage de bisulfite entier de génome. Il s'agit d'une application Mongodb/express/React/Nodejs bundlée avec webpack et empaquetée dans une application de bureau à l'aide d'Electron. Il exécute un pipeline snakemake localement ou sur des machines distantes via des informations d'identification ssh. Il dépend de git et de Conda pour la gestion des workflows et des dépendances. Il prend en charge l'exécution sur des clusters SLURM.

Thaliadb est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et la visualisation de données de recherche en biologie, en particulier dans le domaine de la génomique. Elle offre des fonctionnalités avancées pour l'exploration et l'interprétation des données, ainsi que des outils de collaboration pour faciliter le travail en équipe.

Le projet dbeel vise à faciliter l'intégration et la gestion des données de DAMs (Dépôts d'Archives Multimédias) et d'électrofishage. Il offre des scripts et des outils pour automatiser les workflows de gestion des données et améliorer l'interopérabilité entre les différentes sources de données.

Ce projet fournit des ressources pour l'apprentissage du langage de programmation R, y compris des PDF de présentation, des scripts avec exercices corrigés et un GuideLine pour les bonnes pratiques de codage.

Le projet SiriusQuality-BioMa-Phenology-Component est dédié à la modélisation de la phénologie des écosystèmes dans le cadre du projet SiriusQuality2. Il permet la surveillance et l'analyse de la biodiversité des espèces végétales, ainsi que la prévision des effets du changement climatique sur la végétation.

Ce projet permet de créer une machine virtuelle sous Windows 10 avec un environnement R et Rtools préinstallés, ainsi que d'autres dépendances. La machine virtuelle est ensuite enregistrée en tant que runner GitLab pour être utilisée dans des pipelines CI/CD.

Le projet Aliénor est une application permettant de rechercher des publications scientifiques et de gérer l'identité des chercheurs. Il permet d'intégrer les données des chercheurs avec les systèmes HAL et ORCID.

Allmine est un outil de gestion de projets et de tâches personnelles. Il permet de s'organiser, de suivre l'avancement de ses projets et de collaborer avec d'autres personnes. Il offre une interface simple et intuitive pour gérer ses tâches et ses projets.

AllMine est un outil d'analyse de données de séquençage permettant le minage d'allèles à partir de régions d'intérêt spécifiées. Il prend en charge les séquençages d'ADN et d'ARN, paired ou single end, avec une longueur de lecture maximale de 350bp. Les données de séquençage doivent être au format fastq et peuvent être compressées en gzip. Un fichier CSV décrivant les échantillons, une référence génomique au format fasta et une annotation au format gff ou gtf sont nécessaires pour l'exécution d'AllMine.