Le projet UTOPIA vise à construire une base de données de séquences d'ADN fongiques et à fournir des outils pour l'analyse et l'identification des espèces fongiques. Il permet de télécharger des données à partir de sources publiques, de formater et de nettoyer ces données, de les comparer à la base de données taxonomique de NCBI et de produire des fichiers de sortie normalisés.

Le projet biotools est un ensemble de scripts Perl dédiés à l'analyse et la gestion de données biologiques. Il permet d'automatiser des workflows de laboratoire et de faciliter le traitement de données de recherche en biologie.

Circos is a software package for the creation of circularly composited ideograms that allows for the simultaneous display of multiple data sets. It is often used in bioinformatics and genomics for the visualization of genomic data, such as alignments, variations, and other genomic features.

CLARI-TE est un programme Perl qui permet d'annoter des transposable elements dans des séquences génomiques en post-traitant les fichiers xm générés par RepeatMasker. Il permet de classer les familles de transposable elements et de localiser les LTR retrotransposons.

Application web permettant de manipuler le modèle de différenciation de genre publié par S. Huet, F. Garguilo et F. Pratto en 2020. Il s'agit d'un modèle d'opinion dynamique qui combine des processus de vanité et de propagation d'opinion.

IsbpFinder est un script Perl dédié à la conception de marqueurs ISBP (Insertion Site Based Polymorphism) pour l'amplification de jonctions entre éléments transposables dans des génomes de plantes. Il permet la création de caractéristiques représentant des primers/amplicons couvrant la jonction entre deux éléments transposables, offrant ainsi une vue graphique des différents marqueurs conçus via un logiciel d'annotation de séquences tel qu'Artemis.

Ce projet vise à analyser la méthylation de l'ADN chez les poulets stressés en utilisant des données de séquençage de bisulfite. Il comprend des scripts et des pipelines pour le prétraitement des données, la recherche de différences de méthylation entre échantillons et l'analyse de l'expression des gènes.

PLMdetect est un outil développé depuis 2010 permettant la détection de motifs sur-représentés à une distance spécifique du site de démarrage ou d'arrêt de la transcription dans des séquences d'ADN. Il a été utilisé dans plusieurs études pour l'analyse de régions promotrices de gènes et la recherche de motifs impliqués dans la régulation de la transcription.

Tabix is a set of tools for working with VCF files, written in Perl and C++. It is used for manipulating, compressing, and indexing genomic data in genetics research.