Ce projet vise à analyser des séquences génomiques de micro-organismes à l'aide de méthodes de métabarcoding haute fidélité. Il permet d'identifier les taxons bactériens présents dans un échantillon et d'étudier la diversité microbienne. Le projet est basé sur l'utilisation de l'outil FROGS et de méthodes d'analyse statistique.

GTNash est un outil d'analyse de jeux à somme non nulle, permettant de rechercher l'équilibre de Nash et de modéliser des situations de concurrence. Il est intégré à SageMath et peut être utilisé via des notebooks Jupyter.

PyNMF est un outil permettant la résolution de la factorisation de matrices non négatives (NMF) sur les données métagénomiques avec des contraintes métaboliques supplémentaires. Il a été développé à l'origine pour une utilisation dans le domaine de la bioinformatique.

Ce module Python permet d'explorer et d'utiliser la base de données agroecoperenne, dédiée à l'agriculture durable et à l'agroécologie.

Ce projet traite les données générées par une simulation agricole pour les rendre utilisables sur une vue cartographique. Le traitement peut être effectué via un carnet Jupyter ou un script Python.

Ce projet implémente le modèle déterministe proposé par Darrigade et al. (2021) pour décrire la dynamique cellulaire dans la muqueuse intestinale, ainsi que sa sensibilité aux paramètres. Il fournit des notebooks Jupyter pour la résolution du modèle et l'analyse de sensibilité, avec des explications et des rappels sur l'article original.

Hackathon visant à partager des compétences en terme de développement logiciel et d'administration système des Interactive Tools de Galaxy, ainsi qu'à comprendre et prendre en main le processus de construction d'un Interactive Tool. Ce hackathon propose des séquences de travail permettant de progresser sur la compréhension globale du système, l'administration système sous-jacente et le développement de cette nouvelle génération d'outils.

MANA est un outil d'aide à la compréhension du mécanisme d'action métabolique (mMoA) de molécules chimiques. Il permet de modéliser des réseaux métaboliques condition spécifiques, d'identifier les réactions différentiellement activées et d'extraire des sous-réseaux représentatifs du mMoA.

Ce projet fournit un dépôt de code source permettant de générer des instances Jupyter pour utiliser les notebooks du projet Nash Eq Wilson. Il offre trois façons d'utiliser ces notebooks : via Binder, SIWAA ou en les lançant localement.

Meta-analyse de données multi-omiques pour explorer l'évolution du génome de la pomme après un doublement du génome complet. Les workflows d'analyse comprennent l'identification de blocs synténiques, l'analyse de la fractionation des gènes, l'analyse des loci de caractères quantitatifs, l'estimation des modèles d'évolution à l'aide de Ka/Ks, l'analyse de l'expression (RNA-seq), l'analyse des éléments transposables, l'analyse du méthylome (BS-DNAseq) et une analyse intégrative.