GeVarLi est un pipeline Snakemake FAIR, open-source, scalable, modulable et traceable pour l'assemblage de génomes et la surveillance des variants du SARS-CoV-2 et d'autres virus, utilisant les bibliothèques COVIDSeq™ de courtes séquences Illumina Inc.

Ce projet est un workflow d'annotation structurale automatique des génomes écrit en Snakemake. Il utilise deux outils pour l'annotation : BRAKER et AUGUSTUS. Les éléments répétitifs du génome sont masqués avant l'annotation. Ce workflow peut également effectuer un assemblage d'Illumina avec ABySS en utilisant différentes valeurs de k-mer.

GeVarLi est un pipeline snakemake FAIR, open-source, scalable, modulable et traçable utilisé pour l'assemblage de génomes et la surveillance de variants de SARS-CoV-2 et d'autres virus à l'aide de bibliothèques de séquençage COVIDSeq® Illumina Inc. short reads.

Fasta-box est un ensemble d'outils permettant de compter, fusionner, diviser, remplacer et convertir des fichiers FASTA et FASTQ. Il est compatible avec plusieurs systèmes d'exploitation et peut être utilisé en ligne de commande.

Ce projet est un cours en ligne sur la programmation appliquée aux données spatiales avec Python. Il vise à fournir les connaissances et les compétences nécessaires pour traiter et analyser des données géographiques à l'aide du langage Python.

Projet dédié à la correction de biais dans des échantillonnages, offrant des fonctionnalités d'analyse de données et de recherche statistique.

This software is designed for the calibration and processing of CTD data, commonly used in oceanography for measuring conductivity, temperature, and depth. It provides automated data analysis, quality control, and ensures accurate measurements for oceanographic research.

Le projet rufipogonPangenome a pour objectif l'analyse du génome du riz sauvage, dans le but d'étudier la diversité génétique des espèces de riz et de faire progresser la recherche sur l'amélioration des variétés de riz cultivé.

Ce projet met en œuvre des fonctionnalités spécifiques de Pyshacl, une bibliothèque Python pour Shapes Constraints, qui permet la validation de données RDF et l'application de règles sur des données liées.