Ce projet automatise l'indexation et le contrôle qualité des génomes et annotations génétiques. Il génère des index nécessaires aux outils d'analyse en aval, évalue la qualité des assemblages génomiques via des métriques comme la complétude (BUSCO) et la contiguïté (QUAST), et produit des rapports détaillés pour faciliter la comparaison et le suivi des données génomiques. Destiné aux chercheurs et institutions en biologie moléculaire.

Asm4pg est un workflow automatisé et reproductible dédié à l'assemblage de génomes pour des applications pangénomiques. Il utilise des données PacBio HiFi pour produire des assemblages primaires de haute qualité. Le pipeline prend en charge plusieurs modes (HiFi, Hi-C, trio, ONT) et génère des rapports détaillés incluant des statistiques d'assemblage et des évaluations de qualité. Il est conçu pour être utilisé par des chercheurs en génomique et des bioinformaticiens.

BUSCO est un outil bioinformatique conçu pour évaluer la complétude des assemblages génomiques, des jeux de gènes ou des transcriptomes. Il utilise des orthologues conservés pour fournir une mesure quantitative de la qualité des données génomiques, aidant ainsi les chercheurs à identifier les lacunes dans leurs séquences et à améliorer la fiabilité de leurs analyses biologiques.

Ce projet propose un workflow automatisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage PacBio HiFi. Il permet de générer des assemblages haplotypiques complets, d'évaluer leur qualité et de produire des rapports détaillés. Les outils intégrés couvrent la préparation des données, l'assemblage, le contrôle qualité et la visualisation des résultats, adaptés aux besoins de la recherche génomique et de la bioinformatique.

Ce projet vise à collecter et à assembler des génomes de différentes espèces à partir de données NGS. Il utilise différents assembleurs et méthodes pour comparer les résultats et optimiser les paramètres d'assemblage. Le projet comprend également des outils pour évaluer la qualité des assemblages génomiques.

Ce projet vise à assembler et analyser les génomes de guêpes parasitoïdes du genre Campoplex à partir de données de séquençage Nanopore. Réalisé au Muséum National d'Histoire Naturelle, il compare différents outils d'assemblage et de polissage pour produire des génomes de haute qualité. Les résultats sont évalués via des métriques statistiques et des outils dédiés, permettant d'optimiser les pipelines bioinformatiques pour des études génomiques.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

Ce workflow utilise Snakemake pour assembler des génomes d'Enterococcus cecorum à partir de données de séquençage brutes et de références publiées. Il produit des rapports d'assemblage, d'annotation et d'évaluation de la qualité des génomes.

Quast est un outil d'analyse de l'assemblage de génomes, permettant d'évaluer la qualité et la précision des assemblages, de détecter les variations génétiques et de comparer différentes souches bactériennes.