Outil d'alignement de séquences biologiques permettant de rechercher des similarités entre plusieurs séquences et de visualiser les résultats sous forme d'alignements multiples.

Ce projet fournit un algorithme pour le traitement et l'analyse de données de séquençage génomique, permettant la détection de variantes et l'alignement de séquences. Il offre une solution robuste et efficace pour la gestion de données de séquençage haut débit.

Ce projet permet d'aligner et comparer des séquences d'ADN, facilitant ainsi la recherche de similarités et l'analyse de variations génétiques. Il offre une interface interactive pour visualiser les résultats et optimiser les alignements.

Outil d'alignement de séquences d'ADN permettant la visualisation d'alignements multiples et le calcul de similarité entre séquences.

Ce pipeline Nextflow vise à aligner des marqueurs sur un génome de référence et à fournir des statistiques sur l'alignement. Il peut prendre en entrée un fichier CSV, FASTA ou VCF de séquences de marqueurs.

Le projet primer_design est un outil d'analyse de séquences mitochondriales permettant la conception de paires de primers spécifiques à une espèce cible pour la détection d'espèces par PCR en environnement. Il permet d'identifier les espèces cibles, d'extraire les séquences mitochondriales, de les aligner et de vérifier la spécificité des paires de primers.

Minigraph est un mappeur séquence-à-graphique et constructeur de graphes. Il aligne une séquence de requête contre un graphe de séquence et incrémente progressivement un graphe existant avec des sous-séquences longues divergentes du graphe. Il emprunte des idées et du code à minimap2 et peut construire un graphe à partir de 90 assemblages humains en quelques jours en utilisant 24 cœurs de processeur.

Mummer est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, avec une spécialisation dans l'alignement de séquences d'ADN et la détection de variations structurales. Il permet aux chercheurs en génomique de comparer des séquences d'ADN et d'identifier les similitudes et les différences entre elles, ce qui facilite la compréhension de l'évolution des génomes et l'identification de mutations responsables de maladies.

BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Minimap2 est un programme d'alignement de séquences polyvalent qui aligne des séquences ADN ou ARN contre une grande base de données de référence. Les cas d'utilisation typiques incluent : (1) la cartographie de lectures PacBio ou Oxford Nanopore sur le génome humain ; (2) la recherche d'overlaps entre lectures longues avec un taux d'erreur allant jusqu'à ~15% ; (3) l'alignement de lectures PacBio Iso-Seq ou Nanopore cDNA ou Direct RNA de manière sensible aux splice contre un génome de référence ; (4) l'alignement de lectures Illumina simples ou appariées ; (5) l'alignement d'assemblages entre eux ; (6) l'alignement de génomes entiers entre deux espèces étroitement apparentées avec une divergence inférieure à ~15%.