Outil d'alignement de séquences biologiques permettant de rechercher des similarités entre plusieurs séquences et de visualiser les résultats sous forme d'alignements multiples.

Outil d'alignement de séquences d'ADN permettant la visualisation d'alignements multiples et le calcul de similarité entre séquences.

Pymultialign est un outil bioinformatique conçu pour extraire et visualiser des séquences spécifiques à partir d'un alignement multiple de protéines ou d'ADN. Il permet de comparer deux séquences alignées côte à côte, facilitant l'identification des résidus correspondants et la compression des informations de similarité sous forme graphique. Idéal pour les chercheurs en biologie moléculaire ou en génomique.

BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Seaview est un logiciel dédié à l'analyse et à la visualisation de séquences biologiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des alignements multiples, de construire des arbres phylogénétiques et d'explorer les relations évolutives entre espèces. L'outil intègre des fonctionnalités avancées pour l'inférence phylogénétique et la comparaison de séquences, facilitant ainsi les études en génomique et en biologie évolutive.

MSAshrink est un outil en ligne de commande conçu pour réduire la taille d'un alignement multiple de séquences (MSA) en supprimant les résidus inutiles (comme les gaps ou caractères inconnus) tout en conservant un maximum de données utiles. Il permet de filtrer les séquences et les colonnes selon des seuils définis, optimisant ainsi l'analyse des données génomiques ou protéomiques. L'outil propose également une méthode pour maximiser le contenu utile des résidus restants.

Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

Freebayes est un détecteur de variantes génétiques bayésien conçu pour trouver de petits polymorphismes, en particulier les SNPs (polymorphismes nucléotidiques simples), les indels (insertions et délétions), les MNPs (polymorphismes nucléotidiques multiples) et les événements complexes plus petits que la longueur d'un alignement d'une séquence à lecture courte.

Outil bioinformatique conçu pour extraire une séquence ADN à partir de lectures en appliquant une stratégie de consensus sur plusieurs alignements multiples (MSA). Il génère un méta-MSA à partir des consensus intermédiaires, puis applique à nouveau la stratégie pour produire un méta-consensus final. Utilisé pour analyser des données génomiques complexes et améliorer la précision des séquences consensus.

C2A.A2C sont des programmes en ligne de commande écrits en Java pour traduire et retourner la traduction de fichiers séquences au format FASTA. Ces outils ont été implémentés pour inférer facilement des alignements multiples au niveau des codons.