Ce projet vise à comparer et évaluer les performances de trois pipelines d'analyse de données NGS : Bactopia, ASA3P et Nullarbor. Il s'agit d'un dépôt de code source complémentaire au rapport de stage de Master 1 de Fiona Hak.

Dépôt de scripts pour l'analyse de données de séquençage haut débit. Permet de générer des statistiques sur des index et de générer des sous-listes d'index.

Le projet agimus-ng est une plateforme de gestion immobilière qui permet aux professionnels de l'immobilier de gérer efficacement leurs biens et transactions. Il offre des fonctionnalités avancées d'analyse de données pour aider les utilisateurs à prendre des décisions éclairées.

OCS Inventory NG est une solution de gestion des actifs informatiques et de déploiement qui existe depuis 2001. Il interroge les agents sur les ordinateurs ou les serveurs pour connaître leur composition matérielle et logicielle. Il prend également en charge les scans SNMP pour compléter les données récupérées à partir d'une analyse IP.

Pipeline bioinformatique construit avec Snakemake pour l'analyse de données NGS environnementales de métabarcoding d'ADN environnemental, y compris le démultiplexage, le filtrage et le clustering de séquences en Operational Taxonomic Unit (OTU). Il est initialement testé avec des échantillons d'ADN environnemental marin et est adapté à tout type d'organismes et d'environnements.

Pipeline bioinformatique pour l'analyse de données d'eDNA métabarcoding NGS, comprenant le démultiplexage, le filtrage, la déréplication et l'attribution de taxonomie (NCBI et taxonomie personnalisée) à l'aide d'obitools.

Le projet ngsanalysisjupyter est une application web basée sur Jupyter Notebook qui permet aux utilisateurs de créer et partager des documents contenant du code, des équations, des visualisations et du texte. Les utilisateurs peuvent choisir parmi différents stacks Jupyter pour l'analyse de données en biologie, y compris des outils tels que BWA, SAMtools, GATK, Minimap2, Sniffles et sNMF.

NGSPipelines est un outil conçu pour aider les biologistes dans l'analyse de données issues d'applications biologiques telles que RNA-seq, sRNA-seq, Chip-Seq, BS-seq, etc. Il intègre des pipelines et des interfaces utilisateur pour faciliter le processus d'analyse.

Le projet narabizi-treebank vise à constituer une base de données lexicale et grammaticale du ngbaka ma'bo, une langue bantoue parlée en République Centrafricaine. Ce travail comprend la collecte et le traitement de données linguistiques, l'analyse grammaticale, et le développement d'outils de traitement automatique des langues pour faciliter l'étude et l'enseignement de cette langue.

Ce projet fournit un conteneur Singularity pour l'analyse statistique de données à l'aide de R-stan. Il permet d'exécuter des scripts R-stan pour des analyses bayésiennes dans un environnement isolé et reproductible.