DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.

Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

BAMUtils est une suite d'outils dédiée à l'analyse de données métagénomiques. Elle permet de filtrer des séquences génomiques à partir de fichiers BAM en fonction de critères de qualité et de couverture. Le projet génère également des statistiques précises sur la profondeur et l'étendue de la couverture des échantillons, essentielles pour des études génomiques ou métagénomiques.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.

Outil permettant d'identifier et de valider automatiquement les formats de fichiers utilisés en bioinformatique et génomique. Il analyse des fichiers comme FASTA, GFF3, BED, VCF ou BAM pour en déterminer la structure, détecter les erreurs et fournir des métadonnées essentielles à leur exploitation. Utilisé par les chercheurs et laboratoires pour garantir l'intégrité et la compatibilité des données avant analyse.

Outil d'alignement et d'analyse de données RNAseq (notamment SMART-Seq2) pour la génomique. Ce pipeline automatise le traitement des fichiers FASTQ en les alignant sur un génome de référence avec Hisat2, puis en comptant les transcrits avec htseq-count. Il génère des fichiers BAM, des tableaux de comptage bruts et normalisés, ainsi que des données prêtes pour des analyses différentielles avec DESeq2.

CRAW (Counter RNAseq Window) est un outil bioinformatique conçu pour calculer et visualiser la couverture des expériences de séquençage ARN. Il permet d'analyser des données génomiques à partir de fichiers BAM ou WIG, en générant des rapports détaillés et des visualisations graphiques. L'outil facilite l'interprétation des données de séquençage en fournissant des métriques de couverture position par position, adaptées aux besoins de la recherche en biologie moléculaire et génomique.

Pybamvisual est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données issues de séquençage génomique. Il permet de comparer les performances de différents outils de cartographie de lectures longues en évaluant leur couverture nucléotidique. Les données extraites des fichiers BAM sont transformées pour générer des visualisations précises de la couverture à chaque position de la séquence de référence, facilitant ainsi l'interprétation des résultats.

Libbamutils est une bibliothèque logicielle conçue pour faciliter la manipulation et l'analyse des fichiers BAM, un format standard en bioinformatique pour stocker des données de séquençage génomique. Elle propose des utilitaires pour traiter, convertir et optimiser ces fichiers, permettant aux chercheurs et aux laboratoires de gagner du temps dans leurs analyses génomiques. Ce projet s'inscrit dans le domaine de la génomique et de la biologie computationnelle.

Bedtools est un ensemble d'utilitaires puissants pour l'arithmétique génomique. Ces outils permettent un large éventail de tâches d'analyse génomique, en particulier les opérations ensemblistes sur le génome. Bedtools permet d'intersecter, de fusionner, de compter, de compléter et de mélanger des intervalles génomiques à partir de plusieurs fichiers dans des formats de fichiers génomiques courants tels que BAM, BED, GFF/GTF et VCF.