DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.

Le Genome Analysis Toolkit (GATK) est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant d'analyser des données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variations. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. Ce dépôt contient une version spécifique de GATK (4.1.4.1) installée dans un environnement Miniconda3 et empaquetée dans un conteneur Singularity.

Keyfayqua est un outil en ligne de commande permettant d'analyser la syntaxe de textes en français et en anglais. Il dispose de deux commandes : `parse` et `match`. La commande `parse` permet d'annoter un corpus de textes en détectant les entités et les relations de dépendance, et de générer des représentations CoNLL-formattées des textes annotés. La commande `match` permet d'appliquer des motifs Semgrex aux textes annotés pour détecter des relations syntaxiques spécifiques.

Csv-detective-ml est un outil en ligne de commande permettant d'analyser des fichiers CSV et de détecter automatiquement les types de données contenus dans chaque colonne. Cet outil est basé sur des algorithmes de machine learning et permet de nettoyer et de préparer rapidement des données en vue de leur utilisation dans des analyses ou des modèles prédictifs.

Le package gatk4 version 4.1.9.0 est un ensemble d'outils en ligne de commande pour l'analyse de données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variantes. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. L'installation du package est effectuée via Miniconda3 V4.7.12, et les exécutables sont disponibles dans /opt/miniconda/bin et dans le PATH. Un conteneur Singularity est également disponible pour faciliter le déploiement et l'exécution de l'outil.

Bmc-tools est un outil en ligne de commande permettant d'analyser et d'extraire des données bitmap à partir de fichiers Windows spécifiques, tels que les fichiers bcache*.bmc et cache????.bin. Il offre des fonctionnalités telles que le traitement par lots, la vérification de l'existence du dossier de destination, l'extraction d'un nombre défini de bitmaps, et la génération d'une image bitmap agrégée.

Le projet updateced est un outil en ligne de commande permettant de mettre à jour les fichiers de description d'extensions Camitk. Il analyse les fichiers CMakeLists pour en extraire les informations nécessaires et gère les dépendances des projets d'extensions.

Le projet sra-tools est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant l'analyse et le traitement de données de séquençage à haut débit. Il inclut le SRA Toolkit et le SDK de NCBI, et permet la gestion et la manipulation de données du SRA (Sequence Read Archive). Ce projet est utilisé dans la recherche en biologie des séquences.

DiphtOscan est un outil en ligne de commande écrit en Python, permettant d'analyser des assemblages génomiques de Corynebacterium diphtheriae et d'autres espèces du complexe Corynebacterium diphtheriae species complex (CdSC). Il permet de rechercher des espèces, des gènes associés aux biovars, des facteurs de virulence, des déterminants de résistance aux antimicrobiens, des intégrons et de construire des arbres phylogénétiques.

Aevol-py est un package Python dédié à l'analyse et la visualisation de données issues de simulations évolutives. Il fournit des modèles de données, des fonctions pour créer des visualisations et des scripts en ligne de commande à utiliser avec des données générées par Aevol.