REPET-snakemake est une suite logicielle dédiée à l'identification, l'annotation et la classification des éléments transposables (transposons, rétrotransposons) dans les génomes eucaryotes. Elle permet aux chercheurs en génomique de détecter et caractériser les séquences répétées, essentielles pour comprendre l'évolution des génomes et leur impact sur la fonction des gènes. Les pipelines automatisés génèrent des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'analyse des données génomiques.

PanREPET est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les éléments transposables (TEs) dans des génomes assemblés de manière *de novo*. Il compare les copies de TEs entre plusieurs génomes d'une même espèce afin d'identifier les insertions partagées par un groupe d'individus. Cette approche permet d'accéder aux contextes génomiques exacts des TEs et à leurs séquences, évitant ainsi les biais liés à l'utilisation d'un génome de référence unique. Les résultats sont organisés en compartiments pangénomiques (core, dispensable, écogénome) pour étudier leur rôle dans l'adaptation des espèces à leur environnement.

Ce projet vise à reproduire les résultats de l'article 10.1101/2023.05.27.542554 en utilisant des lectures longues Nanopore pour analyser la transcription d'éléments transposables dans les gonades de *D. melanogaster*. Il fournit des scripts pour aligner les lectures sur le génome de référence, extraire les lectures ambiguës et générer des tableaux supplémentaires.

Environnement de recherche virtuel dédié à l'identification et à l'analyse des répétitions et éléments transposables dans les génomes. Ce projet permet aux chercheurs en bioinformatique et génomique de traiter des données génomiques complexes pour découvrir des motifs répétitifs et mieux comprendre la structure des génomes. Il s'appuie sur des outils spécialisés et des bases de données publiques pour offrir une solution collaborative et accessible.

GrAnnot est un outil dédié à l'annotation de graphes génomiques, permettant d'ajouter des annotations (gènes, éléments transposables) directement sur des graphes représentant des pangenomes. Il facilite le transfert d'annotations entre différents génomes et génère des matrices de présence/absence pour analyser la distribution des gènes au sein d'une espèce ou entre espèces apparentées. Utilisé principalement en génomique comparative, il aide les chercheurs à comprendre l'organisation et l'évolution des génomes.

PanTEannot est un outil bioinformatique conçu pour annoter de manière sérielle les éléments transposables (TE) dans plusieurs assemblages de génomes complets à partir d'une bibliothèque de référence commune. Il se concentre sur les séquences non dégénérées, comme les copies complètes de TE, pour étudier la variabilité récente entre individus. Les fichiers d'annotation générés (au format Gff3) peuvent ensuite être utilisés comme entrée pour d'autres outils d'analyse génomique.

Meta-analyse de données multi-omiques pour explorer l'évolution du génome de la pomme après un doublement du génome complet. Les workflows d'analyse comprennent l'identification de blocs synténiques, l'analyse de la fractionation des gènes, l'analyse des loci de caractères quantitatifs, l'estimation des modèles d'évolution à l'aide de Ka/Ks, l'analyse de l'expression (RNA-seq), l'analyse des éléments transposables, l'analyse du méthylome (BS-DNAseq) et une analyse intégrative.