Ce projet permet d'analyser les variants structurels (inversions, duplications) dans le génome du millet perlé à partir de données génomiques de populations. Il identifie des régions candidates associées à des phénomènes de pseudo-hétérozygotie, compare les structures génétiques entre échantillons cultivés et sauvages, et évalue l'impact de ces variants sur la diversité génétique et l'adaptation des plantes.

Ce projet est un outil d'analyse de séquences biologiques. Il permet de comparer des séquences et de calculer leur similarité. Cet outil est utile pour la recherche en biologie, la génomique et la bioinformatique.

Ce projet propose un pipeline computationnel pour analyser les relations de synténie entre génomes de différentes espèces. Il permet d'identifier les orthogroupes (groupes de gènes issus d'un même ancêtre commun) et de construire des arbres phylogénétiques. Le pipeline intègre des outils pour aligner des séquences génomiques, détecter des blocs synteniques et visualiser les résultats via des outils comme Synvisio et Jbrowse. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en génomique comparative travaillant sur des espèces végétales ou animales.

PanREPET est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les éléments transposables (TEs) dans des génomes assemblés de manière *de novo*. Il compare les copies de TEs entre plusieurs génomes d'une même espèce afin d'identifier les insertions partagées par un groupe d'individus. Cette approche permet d'accéder aux contextes génomiques exacts des TEs et à leurs séquences, évitant ainsi les biais liés à l'utilisation d'un génome de référence unique. Les résultats sont organisés en compartiments pangénomiques (core, dispensable, écogénome) pour étudier leur rôle dans l'adaptation des espèces à leur environnement.

Projet dédié à l'analyse et à la comparaison de génomes complets pour identifier des variations génétiques, des duplications ou des réarrangements. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'étudier les pangenomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes présents dans une espèce ou une population, afin de mieux comprendre leur diversité et leur évolution. Les outils développés facilitent l'identification de gènes d'intérêt, la reconstruction de pangenomes et l'analyse comparative à grande échelle.

CoGSEA est un outil bioinformatique dédié à l'analyse comparative d'enrichissement de gènes. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'interpréter des données transcriptomiques complexes en identifiant les voies biologiques significativement enrichies. Cet outil facilite la comparaison de profils d'expression génique entre différentes conditions expérimentales, aidant ainsi à comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à des processus biologiques ou pathologiques.

GreenPhylDB est une base de données dédiée à la génomique comparative et fonctionnelle des plantes. Elle propose des catalogues de familles de gènes issus de prédictions génomiques couvrant un large spectre de plantes vertes. Les données sont annotées manuellement et analysées via des approches phylogénétiques pour prédire les relations homologues, facilitant ainsi les études évolutives et fonctionnelles visant à identifier des gènes candidats influençant des traits agronomiques chez les cultures.

PanZone est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des zones d'intérêt spécifiques au sein de pangénomes. Il permet de comparer des loci entre différents génomes en utilisant des outils comme PGGB et Minigraph-Cactus. Le pipeline génère des visualisations et des analyses pour évaluer la conservation génomique, facilitant ainsi la recherche en génomique comparative et en biologie des systèmes.

Outil dédié à l'analyse comparative de graphes génomiques issus de différentes méthodes (MiniGraph-Cactus, PGGB). Il permet d'évaluer la conservation des régions génomiques, d'identifier des variations structurales et de générer des métriques pour des études en génomique comparative. Les résultats sont utilisés pour des recherches en biologie évolutive et en génétique des populations.

GrAnnoT est un outil d'analyse génomique conçu pour transférer des annotations linéaires vers des graphes pangenomes et vice versa. Il permet d'étudier les relations entre génomes en produisant des alignements de gènes et des matrices de présence-absence. Utilisé dans la recherche en génomique, il facilite l'analyse comparative des génomes au sein de graphes pangenomes, essentiels pour comprendre la diversité génétique et les variations structurales.