Le projet specifics_ortho_kb est un pipeline Nextflow permettant de créer des fichiers pour une base de données Neo4j à partir de données génomiques de différentes espèces végétales. Il permet d'analyser les génomes, de créer des graphes de données génomiques, d'annoter les gènes et les protéines, et de détecter des familles de gènes et des orthologues.

Ce projet vise à analyser et annoter le génome de la souche de levure Zygosaccharomyces bailii CLIB 213, en identifiant les gènes codant des protéines et des pseudogènes, ainsi que les ARN de transfert et de ribosomes.

ICEscreen est une pipeline bioinformatique permettant la détection et l'annotation d'ICEs (Integrative and Conjugative Elements) et d'IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) dans des génomes de Bacillota. Il permet la détection de protéines signature d'ICEs et d'IMEs grâce à une recherche par similarité et la détection de protéines homologues distantes grâce à des profils HMM. Le pipeline groupe les protéines appartenant à la même structure ICE/IME et génère des tableaux récapitulatifs des ICEs et IMEs détectés.

Ensemble d'outils pour l'analyse des données métaprotéomiques générées par des instruments de spectrométrie de masse de haute throughput. Ces outils permettent de regrouper les abondances de peptides et protéines, exprimées en comptages spectraux, et de les manipuler en groupes de métaprotéines. Les informations obtenues peuvent être représentées à l'aide de fonctions de visualisation multiples pour afficher le paysage métaprotéomique global et différencier les échantillons ou conditions en termes d'abondance de métaprotéines, de niveaux taxonomiques et/ou d'annotation fonctionnelle.

ICEscreen est une pipeline bioinformatique permettant la détection et l'annotation d'ICEs (Integrative and Conjugative Elements) et d'IMEs (Integrative and Mobilizable Elements) dans des génomes de Firmicutes. Il utilise des blastP sur une ressource curée et des profils HMM pour détecter les protéines signature et les structures des ICEs/IMEs.