CLARI-TE_smk est un pipeline Snakemake pour l'annotation génomique à grande échelle de TEs de génomes *Triticeae* basé sur RepeatMasker et CLARI-TE. Il est conçu pour fonctionner sur un cluster HPC avec slurm et effectue des calculs distribués pour annoter simultanément les TEs de différents chromosomes d'un génome. Il crée finalement un fichier d'annotation gff3.

CLARI-TE est un programme Perl qui permet d'annoter des transposable elements dans des séquences génomiques en post-traitant les fichiers xm générés par RepeatMasker. Il permet de classer les familles de transposable elements et de localiser les LTR retrotransposons.