Canu est un logiciel de bioinformatique open-source utilisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, en particulier pour les données de séquençage à longues lectures produites par des technologies telles que PacBio et Oxford Nanopore. Il s'agit d'une fourche du Celera Assembler, optimisé pour gérer les hauts niveaux de bruit associés à ces technologies.

Ce projet vise à assembler et analyser les génomes de guêpes parasitoïdes du genre Campoplex à partir de données de séquençage Nanopore. Réalisé au Muséum National d'Histoire Naturelle, il compare différents outils d'assemblage et de polissage pour produire des génomes de haute qualité. Les résultats sont évalués via des métriques statistiques et des outils dédiés, permettant d'optimiser les pipelines bioinformatiques pour des études génomiques.

Flye est un outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de génomes à partir de lectures de séquençage de molécules uniques, comme celles produites par les technologies PacBio et Oxford Nanopore. Il prend en entrée des données brutes et génère des contigs polissés, adaptés aussi bien à des projets bactériens qu'à des assemblages à grande échelle comme ceux des mammifères. Il inclut également un mode dédié à l'assemblage de métagénomes.

Ce projet vise à améliorer l'assemblage du génome du tardigrade Paramacrobiotus fairbanski, une espèce à reproduction parthénogénétique. Il utilise des données de séquençage nanopore et des contacts HiC pour reconstruire des scaffolds plus longs et cohérents. Plusieurs outils comme YAHS, GreenHill ou AutoHiC sont testés pour optimiser la structure chromosomique et réduire les fragments résiduels.