Outil dédié à l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage. Il permet de reconstruire des séquences génomiques de référence en analysant des fichiers FASTA contenant des lectures. Le projet prend en charge les données avec ou sans erreurs de séquençage et propose des fonctionnalités comme le filtrage de k-mers et la création d'index pour faciliter l'analyse.

Outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de novo de génomes à partir de lectures longues et bruitées. Conçu pour traiter rapidement des données génomiques complexes, il permet aux chercheurs et laboratoires d'obtenir des séquences génomiques complètes et précises. Idéal pour les projets de séquençage à haut débit nécessitant une reconstruction fiable des génomes.

Canu est un logiciel de bioinformatique open-source utilisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, en particulier pour les données de séquençage à longues lectures produites par des technologies telles que PacBio et Oxford Nanopore. Il s'agit d'une fourche du Celera Assembler, optimisé pour gérer les hauts niveaux de bruit associés à ces technologies.

Outil automatisé dédié à l'assemblage et à l'analyse de génomes viraux à partir de données de séquençage haut débit. Il permet de nettoyer les lectures, d'effectuer des assemblages en plusieurs rounds, d'appeler les variants génétiques et de générer des statistiques d'assemblage. Utilisé principalement dans le cadre de recherches virologiques et épidémiologiques.

Pipeline itératif d'assemblage génomique conçu pour étendre des contigs initiaux à partir de lectures Illumina et de séquences de référence. Il permet de reconstruire des génomes plastidiens, des gènes histones ou des gènes cibles à partir de données de séquençage à faible couverture. Le processus utilise des cycles d'alignement, d'extraction et d'assemblage pour améliorer progressivement les contigs jusqu'à obtenir des séquences optimales.

Flye est un outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de génomes à partir de lectures de séquençage de molécules uniques, comme celles produites par les technologies PacBio et Oxford Nanopore. Il prend en entrée des données brutes et génère des contigs polissés, adaptés aussi bien à des projets bactériens qu'à des assemblages à grande échelle comme ceux des mammifères. Il inclut également un mode dédié à l'assemblage de métagénomes.