Le projet phyloskims fournit des scripts dockerisés pour l'assemblage et l'annotation de génomes skims par les projets PhyloAlps et PhyloNorway. Il comprend un assembleur dédié aux séquences hautement répétées et un annotateur dédié à la production de fichiers EMBL prêts à être soumis.

Ce projet concerne l'assemblage et l'annotation du génome de la levure *Kuraishia capsulata* CBS 1993, à partir de données fournies par la source ENA. Il offre une vue d'ensemble de l'assemblage, comprenant des informations telles que le niveau d'assemblage, le nom, la longueur, le nombre de scaffolds, et la présence ou l'absence d'un génome mitochondrial. L'annotation dénombre les CDS, les pseudogènes, les ARNt, les ARNr et les éléments mobiles.

Projet dédié à l'analyse et à la gestion de données biologiques, en particulier pour l'assemblage de génomes. Il utilise des données sources de l'ENA et fournit une annotation détaillée.

Projet dédié à l'étude du génome de la levure Kazachstania naganishii CBS 8797, fournissant des informations sur l'assemblage et l'annotation de ses chromosomes.

Ce projet est un workflow d'annotation structurale automatique des génomes écrit en Snakemake. Il utilise deux outils pour l'annotation : BRAKER et AUGUSTUS. Les éléments répétitifs du génome sont masqués avant l'annotation. Ce workflow peut également effectuer un assemblage d'Illumina avec ABySS en utilisant différentes valeurs de k-mer.

Ce projet vise à rassembler et annoter le génome de la souche de levure *Blastobotrys adeninivorans* LS3, en utilisant des données provenant de la source ENA. Il fournit des informations sur l'assemblage et l'annotation du génome, y compris le nombre de chromosomes, la longueur de l'assemblage, le nombre de gènes codants, de pseudogènes, d'ARN de transfert, d'ARN ribosomique et d'éléments mobiles.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

Projet dédié à l'analyse du génome de la souche Naumovozyma castellii CBS 4309, fournissant des informations sur l'assemblage et l'annotation de cette levure, issu des données de l'ENA et soumis par le Wolfe Laboratory.

Ce projet consiste en l'analyse et l'annotation du génome de la souche de levure S288c de *Saccharomyces cerevisiae*. Il fournit des informations sur l'assemblage et l'annotation du génome, y compris les compteurs de CDS, de pseudogènes, de tRNA, de rRNA et d'éléments mobiles.