WAW (Workflow Application Wrapper) is a framework for automatic generation of workflows. It allows users to generate a workflow and its execution environment, and use it with or without a graphical interface on various infrastructures (personal machine, server, cluster, cloud, etc.). The framework includes 100 bioinformatics application bricks that can be assembled to create a wide variety of analysis workflows. It is built on existing technologies such as Snakemake, Docker, R Shiny, conda, and MultiQC.

Ce projet est un modèle pour les workflows Get, permettant l'exécution de pipelines bioinformatiques à partir d'un fichier samples.csv, en utilisant des images Singularity ou Conda, avec la possibilité de tracer les versions des logiciels, d'envoyer un email de notification à la fin du pipeline, et de générer automatiquement une image Singularity.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

Ce projet vise à faciliter la mise en place et l'utilisation de workflows bioinformatiques en utilisant des containers pour le déploiement d'applications. Il permet également l'automatisation de pipelines de traitement de données, ce qui permet de gagner du temps et de réduire les erreurs.

Ce projet fournit un dépôt de code source contenant des modules Snakemake réutilisables et interopérables, permettant l'automatisation de workflows bioinformatiques et la gestion de pipelines de données.

Ce projet fournit un dépôt de code source contenant des modules Snakemake réutilisables et interopérables, permettant l'automatisation de workflows bioinformatiques et la gestion de pipelines de données.