Gatb-rconnector est un outil bio-informatique permettant l'analyse de données génomiques. Il permet la comparaison de séquences d'ADN et l'indexation de génomes de référence, facilitant ainsi la recherche de similarités entre séquences. Cet outil est basé sur une approche probabiliste et permet une utilisation efficace des ressources.

GenoLayout est un programme en ligne de commande écrit en Bash permettant de créer des figures SVG représentant des cartes linéaires de fragments conservés entre génomes. Il s'appuie sur des outils tels que gawk et blast+ pour le traitement et la comparaison des séquences.

Ce projet fournit un cadre de scripts conçu à l'origine pour exécuter des benchmarks de BLAST et PLAST sur une infrastructure informatique de cluster. Les scripts sont adaptés pour fonctionner avec le système de planification des tâches PBS pro 14.2.4, BLAST 2.2.31 et 2.6.0, et PLAST 2.3.2. Ils ont été utilisés pour évaluer la configuration optimale (coeurs, RAM et walltime) pour l'exécution de tâches de comparaison de séquences (utilisant BLAST ou PLAST) sur le superordinateur DATARMOR d'IFREMER.

D-GENIES est un outil d'analyse de génomes permettant la comparaison de séquences et la visualisation d'alignements de génomes entiers. Il est basé sur le logiciel minimap2 et offre une interface interactive pour zoomer et télécharger différents fichiers d'image, d'alignement ou de séquences. D-GENIES est open source et disponible en installation locale.

BeeDeeM-Tools est un outil d'analyse et d'indexation de données biologiques. Il permet la recherche et la comparaison de séquences d'ADN, ainsi que la gestion et l'organisation de ces données.

Whatshap est un outil en développement permettant de gérer et visualiser des variations génomiques. Il facilite la résolution de conflits dans les comparaisons génomiques et permet l'intégration de données de séquençage génomique.

Samtools est un ensemble d'outils conçus pour gérer et analyser les fichiers SAM, BAM et CRAM, largement utilisés dans le traitement des données de séquençage génomique. Il permet de visualiser, filtrer et trier ces données, ainsi que de réaliser différents types de calculs et de comparaisons.

Le projet nanocomp est un outil de bioinformatique permettant l'analyse et la comparaison de données de séquençage Oxford Nanopore. Il est basé sur un conteneur Singularity et utilise Miniconda3 pour la gestion des paquets.

Ce projet est un pipeline d'analyse utilisant Snakemake pour le profilage d'ARN à l'aide de la séquençage 3'. Le pipeline prend en entrée un tableau décrivant vos échantillons, une ou plusieurs paires de fichiers fastq et éventuellement un fichier listant les comparaisons à tester.