FastQC est un outil d'analyse de données de séquençage haut débit. Il vise à fournir une méthode simple pour effectuer des contrôles qualité sur les données brutes issues de ces pipelines. Il propose un ensemble modulaire d'analyses qui permettent d'obtenir une première impression de la qualité des données et d'identifier rapidement d'éventuels problèmes avant d'entreprendre toute analyse plus poussée.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

Pipeline Hopices Civils de Lyon pour l'analyse régulière de données de séquençage complet de Mycobacterium tuberculosis, comprenant un contrôle qualité étendu, la spoligotypie, l'identification de résistance aux médicaments et la génération automatique de rapports finaux.