QTLseqr est un projet en cours de développement dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet la détection de variants génétiques et la recherche de gènes associés à des maladies. Le projet vise à offrir une solution robuste et fiable pour les chercheurs en génomique.

Événement de formation et de conférences dédié à la bioinformatique et à l'analyse du génome. Organisé en 2019, il propose des cours avancés, des ateliers pratiques et des échanges entre experts pour renforcer les compétences en génomique et en bioinformatique. Destiné aux chercheurs, étudiants et professionnels du domaine.

R_QTLseqr est un projet en cours de développement visant à fournir des outils pour l'analyse de données génomiques et la détection de variations génétiques. Il permettra de rechercher des liens entre le génotype et le phénotype, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche biomédicale.

Bedtools est un ensemble d'utilitaires puissants pour l'arithmétique génomique. Ces outils permettent un large éventail de tâches d'analyse génomique, en particulier les opérations ensemblistes sur le génome. Bedtools permet d'intersecter, de fusionner, de compter, de compléter et de mélanger des intervalles génomiques à partir de plusieurs fichiers dans des formats de fichiers génomiques courants tels que BAM, BED, GFF/GTF et VCF.

Le projet BCGA2017 est un programme de formation en bioinformatique et génomique organisé par l'Institut Pasteur. Il propose des cours structurés, des ressources pédagogiques et un suivi collaboratif pour les participants. Destiné aux étudiants et professionnels, il vise à renforcer les compétences en analyse de données génomiques et en bioinformatique.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

Ce projet vise à introduire les approches computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques. Grâce à des techniques expérimentales novatrices, le fonctionnement des systèmes biologiques peut désormais être exploré avec une précision quantitative au niveau du génome. Ce cours propose une introduction aux aspects bioinformatiques et statistiques de l'analyse de données biologiques à grande échelle (OMICs) et offre des exercices pratiques pour approfondir la compréhension de concepts clés par une expérience concrète sur des jeux de données choisis.

Le projet seascape_course_cloud est une plateforme d'analyse de données génomiques marines. Il permet aux utilisateurs de traiter et d'analyser des données de séquençage à haut débit pour détecter des structures populationnelles chez les organismes marins et construire des cartes génétiques pour l'étude des paysages.

Librairie et suite logicielle dédiée à l'indexation et à l'analyse de k-mers (séquences courtes) issus de données de séquençage biologique haut débit. Elle permet de traiter de grands volumes de séquences génomiques en utilisant le protocole MPI pour une distribution efficace des calculs sur des clusters de machines. Les résultats peuvent être exploités pour des études génomiques, métagénomiques ou épidémiologiques.

ASSU est un outil en ligne de commande écrit en Bash permettant de réaliser l'assemblage de référence-guidé de segments SSU 16S à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) de génomes bactériens ou archéens. Cet outil a été développé pour compenser l'échec de plusieurs programmes _de novo_ d'assemblage à assembler des segments non fragmentés de SSU lorsque le génome séquencé contient différentes copies de 16S rRNA avec des séquences variables, en particulier lors de l'utilisation de courtes données HTS.