Outil dédié à l'extraction et à l'analyse de données génomiques à partir de fichiers VCF. Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter des données génétiques pour identifier des variants, des mutations ou des annotations spécifiques. Facilite la manipulation de grands jeux de données génomiques pour des études scientifiques ou médicales.

Libhts est une bibliothèque Python et un ensemble d'outils dédiés au traitement et à l'analyse de données issues du séquençage haut débit. Elle permet aux chercheurs et bioinformaticiens de manipuler, convertir et visualiser des données génomiques complexes comme les fichiers BAM ou BigWig. L'outil facilite l'extraction de régions spécifiques, la génération de visualisations graphiques et l'automatisation de workflows pour des analyses génomiques avancées.

Ce projet permet d'extraire et d'analyser des données génomiques à partir de graphes de pangenome (GFA). Il facilite l'identification des nœuds spécifiques à des haplotypes, la génération de matrices de présence/absence, et la conversion de formats pour des analyses comparatives. Les outils intégrés permettent de manipuler des régions génomiques ciblées et de produire des fichiers VCF pour étudier les variations entre individus ou populations.

Outil dédié à l'analyse et à la recherche de séquences génomiques. Il permet d'identifier des motifs spécifiques dans des fichiers de génomes de référence et de données de séquençage. Le projet facilite l'extraction de k-mers pour des études comparatives ou des analyses bioinformatiques, en optimisant les performances selon la taille des données traitées.

Projet dédié à l'analyse et au traitement de données génomiques, notamment l'extraction et l'interprétation de variants à partir de fichiers VCF. Utilisé pour des études génétiques avancées, comme l'analyse de la dyslexie ou d'autres troubles, en s'appuyant sur des pipelines bioinformatiques optimisés pour le calcul haute performance.

Pipeline itératif d'assemblage génomique conçu pour étendre des contigs initiaux à partir de lectures Illumina et de séquences de référence. Il permet de reconstruire des génomes plastidiens, des gènes histones ou des gènes cibles à partir de données de séquençage à faible couverture. Le processus utilise des cycles d'alignement, d'extraction et d'assemblage pour améliorer progressivement les contigs jusqu'à obtenir des séquences optimales.

SeqKit est un outil bioinformatique multiplateforme et ultra-rapide conçu pour manipuler des fichiers de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il permet d'effectuer des opérations courantes comme le filtrage, le tri, la conversion ou l'extraction de séquences, facilitant ainsi l'analyse et le traitement de données génomiques à grande échelle.

Seqkit est un outil en ligne de commande open-source et multiplateforme permettant la manipulation rapide et efficace de fichiers FASTA/Q. Il offre une grande variété de fonctionnalités pour l'analyse de données génomiques, telles que la recherche et l'extraction de séquences spécifiques, le filtrage, le tri, le regroupement et la fusion de fichiers.

Ce projet automatise l'extraction et la structuration des informations médicales contenues dans les Résumés des Caractéristiques du Produit (RCP) des médicaments. Il permet de transformer des fichiers HTML en données exploitables pour des analyses statistiques, des rapports ou des intégrations dans des pipelines de données. L'objectif est de faciliter l'accès et l'exploitation des données réglementaires des médicaments pour les professionnels de santé ou les organismes publics.