Ce projet vise à promouvoir la recherche reproductible en fournissant des outils et des méthodes pour l'analyse et la visualisation de données dans le domaine de la recherche agronomique et environnementale. Il est basé sur le langage de programmation R et propose une interface interactive pour faciliter l'utilisation des différents outils.

OpenAlea.Adel est un outil de modélisation et de simulation dédié à l'étude du développement architectural des plantes graminées. Il permet de reproduire en 3D la croissance et la morphologie des plantes, facilitant ainsi la recherche agronomique et l'analyse des interactions entre génétique et environnement. Les modèles intégrés, comme Adel-Maize et Adel-Wheat, aident à comprendre les mécanismes de développement végétal et à optimiser les pratiques culturales.

Le CATI CODEX est une plateforme web dédiée à la documentation et au partage de ressources techniques et scientifiques. Il vise à centraliser des connaissances et outils pour soutenir les activités de recherche, notamment dans les domaines de l'agronomie et de l'environnement. Développé par des équipes de l'INRAE, il facilite la collaboration entre chercheurs et experts.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques issues de séquençage haut débit. Utilisé dans les laboratoires de génétique et les centres de recherche, il facilite l'interprétation des variations génétiques pour des applications en médecine personnalisée, en agronomie ou en écologie.

PlantScan3D est un logiciel open source dédié à la reconstruction en trois dimensions de l'architecture des plantes à partir de scans laser. Il permet aux chercheurs, agronomes et botanistes de modéliser et analyser la structure des végétaux pour des études scientifiques ou agronomiques. L'outil facilite la visualisation et l'interprétation des données issues de mesures laser, offrant une solution précise et adaptée aux besoins de la recherche végétale.

Librairie logicielle développée par l'INRAE dans le cadre de la plateforme 4P dédiée au phénotypage végétal. Elle facilite la gestion, la standardisation et l'échange de données issues d'images (LiDAR, RGB, multispectrales) utilisées en recherche agronomique. Elle propose également des outils pour valider les conventions de nommage et améliorer l'intégration des modules dans la plateforme 4P.

Outil d'analyse géospatiale dédié au traitement des données du Registre Parcellaire Graphique (RPG) français. Il permet aux agronomes et géomaticiens d'étudier les séquences de parcelles agricoles pour identifier les rotations culturales, les changements d'usage des sols et la dynamique des prairies permanentes. Développé par l'INRAE et l'UMR SADAPT, il facilite la recherche agronomique et l'aide à la décision publique en matière de gestion des terres agricoles.

Ce projet fournit des outils mathématiques et statistiques dédiés aux distributions t multivariées. Il permet de calculer des distances et divergences entre ces distributions, de simuler des échantillons aléatoires et de visualiser leurs densités. Utilisé principalement dans le domaine de la recherche agronomique et statistique, il facilite l'analyse de données complexes et la modélisation probabiliste.

Ce projet open source permet de transformer et structurer des données météorologiques brutes en formats adaptés pour des analyses scientifiques et agricoles. Il facilite l'utilisation de ces données dans des environnements Python et OpenAlea, notamment pour des applications en modélisation climatique, recherche agronomique ou gestion des ressources naturelles. Les données sont optimisées pour une intégration fluide dans des workflows de recherche ou des outils de décision.

L'ontologie BioAGgressor (BAGO) est un outil sémantique développé pour modéliser les organismes vivants impliqués dans l'apparition de maladies des plantes cultivées. Elle permet de structurer et d'interconnecter des données sur les bioagresseurs (ravageurs, pathogènes, etc.) et leurs interactions avec les cultures, facilitant ainsi leur identification, leur classification et leur gestion. BAGO est utilisée pour enrichir des bulletins de santé végétale et soutenir la recherche agronomique.