Kb est un workflow pour le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire. Le pré-traitement des données de séquençage d'ARN unicellulaire implique l'association des lectures avec leurs cellules d'origine, le regroupement des lectures en fonction des identifiants moléculaires uniques (UMIs) et la génération de comptages de gènes ou de caractéristiques à partir des lectures pour générer une matrice cellule x gène.

Ce workflow automatise l'analyse de données RNA-seq à partir de fichiers bruts FASTQ. Il permet de générer des matrices de comptage de gènes en utilisant différents outils d'alignement (HISAT2, STAR) ou de pseudo-alignement (Salmon, Kallisto). Le pipeline inclut des étapes de contrôle qualité, de trimming des séquences et de quantification, avec des sorties compatibles avec des outils d'analyse transcriptomique comme DIANE. Il est conçu pour comparer les résultats entre plusieurs méthodes et faciliter l'interprétation des données.

Ce projet propose une approche bioinformatique pour analyser le phageome intestinal à partir de l'isolement de phages. Il inclut des scripts pour le nettoyage et l'assemblage de lectures, la sélection et la classification de contigs, ainsi que des outils pour comparer des bases de données de phages. Les résultats permettent de générer des matrices de comptage et des figures pour des publications scientifiques.