Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.

Projet dédié à l'analyse et à la comparaison de génomes complets pour identifier des variations génétiques, des duplications ou des réarrangements. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'étudier les pangenomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes présents dans une espèce ou une population, afin de mieux comprendre leur diversité et leur évolution. Les outils développés facilitent l'identification de gènes d'intérêt, la reconstruction de pangenomes et l'analyse comparative à grande échelle.

REPET-snakemake est une suite logicielle dédiée à l'identification, l'annotation et la classification des éléments transposables (transposons, rétrotransposons) dans les génomes eucaryotes. Elle permet aux chercheurs en génomique de détecter et caractériser les séquences répétées, essentielles pour comprendre l'évolution des génomes et leur impact sur la fonction des gènes. Les pipelines automatisés génèrent des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'analyse des données génomiques.

GRIS est un outil bioinformatique conçu pour calculer des indices de similarité entre ensembles de gènes ou de protéines. Il permet d'évaluer la parenté entre deux jeux de données protéiques en utilisant des méthodes comme le wGRR (weighted Gene Repertoire Relatedness), le coefficient de Sørensen-Dice ou l'indice de Jaccard. Ces calculs reposent sur l'identification de paires de protéines réciproquement les meilleures (BBH) via des analyses de type BLAST. L'outil est particulièrement utile pour comparer des génomes, des prophages ou des ensembles de protéines dans un contexte de recherche génomique ou évolutive.

Ce projet vise à rassembler des ressources et des outils utiles pour l'analyse de données de cellules simples. Il fournit des liens vers des bases de données telles que l'Atlas d'expression de cellules simples de l'EBI et PanglaoDB, ainsi que des outils d'analyse tels que Seurat, Monocle et SCENIC Suite. Ces outils permettent l'analyse, la visualisation et l'interprétation des données d'expression génique à l'échelle cellulaire unique, ainsi que l'inférence des réseaux de régulation des gènes et l'identification des sous-types cellulaires.

LEGEND est un outil bioinformatique conçu pour analyser des données transcriptomiques. Il permet d'encoder les données d'expression génique en niveaux d'expression (non régulé, surexprimé, sous-exprimé), de construire des graphes de co-expression entre gènes, et d'appliquer une méthode de décomposition par entropie minimale (MED) pour regrouper les gènes partageant des profils d'expression similaires. Les résultats sont visualisables sous forme d'arbres MED et de graphes, facilitant l'identification de gènes d'intérêt biologique.

Ce projet permet de construire des pangénomes à partir de séquences génomiques de différentes espèces ou variétés. Il identifie les gènes conservés (core) et variables (accessoires) entre les échantillons analysés. Les résultats incluent des matrices de présence/absence de gènes et des visualisations graphiques pour faciliter l'interprétation des données génomiques complexes.

Meta-analyse de données multi-omiques pour explorer l'évolution du génome de la pomme après un doublement du génome complet. Les workflows d'analyse comprennent l'identification de blocs synténiques, l'analyse de la fractionation des gènes, l'analyse des loci de caractères quantitatifs, l'estimation des modèles d'évolution à l'aide de Ka/Ks, l'analyse de l'expression (RNA-seq), l'analyse des éléments transposables, l'analyse du méthylome (BS-DNAseq) et une analyse intégrative.

Un outil permettant d'identifier les gènes et les introns en fonction du recoupement de contigs De novo RNA-seq sur un génome de référence. Ce logiciel identifie également les indels entre les contigs et le génome de référence.

Outil d'analyse de données RNAseq comprenant des notebooks pour la primary et secondary analysis, l'annotation fonctionnelle et la gestion de pipelines avec Snakemake. Permet l'analyse de données d'expression génique et l'identification de gènes différentiellement exprimés.