Ce projet démontre l'utilisation de l'API Gitlab dans le cadre de l'intégration continue pour récupérer les statistiques des projets à un moment donné. Il utilise l'outil jq pour générer un fichier CSV à partir des données récupérées.

L'atelier a pour objectif d'intégrer et d'analyser des données omiques hétérogènes via des approches statistiques en s'appuyant sur les packages R MOFA2 et mixOmics. Deux cas d'étude sont proposés, l'un sur des données métabolomiques et transcriptomiques de deux variétés de colzas soumises à un stress hydrique et parasitique, et l'autre sur des données RNAseq et metabarcoding (16S et 18S) d'une autre variété de colzas.

RANOMALY est un package R dédié à l'analyse de la diversité microbienne. Il permet de traiter et d'interpréter des données issues de séquençage à haut débit, en particulier pour les gènes 16S et ITS. Il intègre des méthodes statistiques avancées et des algorithmes d'apprentissage automatique pour détecter et caractériser les espèces microbiennes présentes dans un échantillon.

Ce projet vise à intégrer et analyser des données omiques sur le peuplier, en utilisant des méthodes statistiques et des visualisations pour détecter des corrélations entre les différents types de données.

JASS est un package Python dédié au calcul de statistiques jointes sur des ensembles de résultats GWAS et à l'exploration interactive des résultats via une interface web. Il permet de générer des statistiques jointes sur un ensemble de données GWAS sélectionnées et de produire des graphiques statiques pour illustrer les résultats. Une application web intégrée permet également d'explorer les résultats via une interface dynamique JavaScript.

Ce projet est un template pour une application R-Shiny, offrant une interface utilisateur, un serveur et des définitions globales. Il permet de développer des applications de visualisation de données statistiques et de création de graphiques personnalisés, avec la possibilité d'ajouter des fichiers statics et de gérer l'intégration continue.

Rstudio est un environnement de développement intégré (IDE) pour la statistique et la science des données. Il permet aux utilisateurs d'analyser, de manipuler et de visualiser des données à l'aide du langage de programmation R.

Ce projet est un pipeline Nextflow pour l'harmonisation, l'imputation et l'analyse conjointe de statistiques de GWAS. Il intègre des workflows pour le prétraitement des données, l'imputation des données manquantes et l'analyse conjointe des traits. Le pipeline est conçu pour être exécuté de manière efficace sur des données multi-traits.

Ce projet est un template d'application R-Shiny permettant l'analyse et la visualisation de données statistiques via une interface web interactive. Il inclut des fichiers de configuration pour l'intégration continue et le déploiement via Docker.

RFLOMICS est un package R et une interface Shiny dédiés à l'analyse de données omiques multi-niveaux dans un cadre statistique d'intégration verticale. Il supporte jusqu'à trois types de données omiques : RNAseq, protéomiques et métabolomiques.