Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

NanoComp est un outil bioinformatique conçu pour comparer les résultats de séquençage Oxford Nanopore et les alignements associés. Il permet aux chercheurs d'évaluer les performances de différents pipelines ou jeux de données, facilitant ainsi l'optimisation des analyses génomiques. L'outil génère des rapports visuels et statistiques pour aider à la prise de décision dans les projets de séquençage à haut débit.

Canu est un logiciel de bioinformatique open-source utilisé pour l'assemblage de génomes à partir de données de séquençage à haut débit, en particulier pour les données de séquençage à longues lectures produites par des technologies telles que PacBio et Oxford Nanopore. Il s'agit d'une fourche du Celera Assembler, optimisé pour gérer les hauts niveaux de bruit associés à ces technologies.

Outil dédié à l'analyse et à la recherche de séquences génomiques. Il permet d'identifier des motifs spécifiques dans des fichiers de génomes de référence et de données de séquençage. Le projet facilite l'extraction de k-mers pour des études comparatives ou des analyses bioinformatiques, en optimisant les performances selon la taille des données traitées.

Methylome est un workflow FAIR optimisé pour l'étude du méthylome des génomes de poisson, utilisant Nexflow dsl2, Singularity et Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage à haut débit, l'alignement, la suppression des duplicats et l'appel de méthylation, grâce à Trim Galore, Bismark et bedGraphToBigWig.

Outil dédié à l'analyse et au contrôle qualité des données issues du séquençage nanopore. MONAqc permet de traiter simultanément plusieurs runs de séquençage, en générant des rapports comparatifs et des visualisations interactives. Il facilite l'évaluation des performances des échantillons et l'identification des anomalies, optimisant ainsi les processus de recherche et de diagnostic en génomique.

Outil bioinformatique spécialisé dans le traitement des données de séquençage génomique. Porechop permet de supprimer les adaptateurs et de démultiplexer les lectures produites par les séquenceurs Oxford Nanopore. Il optimise ainsi les données brutes pour des analyses ultérieures plus précises et fiables.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

Ce projet vise à assembler et analyser les génomes de guêpes parasitoïdes du genre Campoplex à partir de données de séquençage Nanopore. Réalisé au Muséum National d'Histoire Naturelle, il compare différents outils d'assemblage et de polissage pour produire des génomes de haute qualité. Les résultats sont évalués via des métriques statistiques et des outils dédiés, permettant d'optimiser les pipelines bioinformatiques pour des études génomiques.

Nanofilt est un outil bioinformatique conçu pour filtrer et tronquer des données de séquençage issues de la technologie Oxford Nanopore. Il permet d'éliminer les séquences de mauvaise qualité ou indésirables, facilitant ainsi l'analyse ultérieure des données génomiques. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique, il optimise les données brutes pour des traitements plus précis et fiables.