Le projet 4-arbrescouvrants vise à fournir des algorithmes et des outils pour la détermination d'arbres couvrants dans les graphes, offrant des solutions pour des applications dans divers domaines tels que les télécommunications, les transports, les réseaux sociaux et l'urbanisme.

LEGEND est un outil bioinformatique conçu pour analyser des données transcriptomiques. Il permet d'encoder les données d'expression génique en niveaux d'expression (non régulé, surexprimé, sous-exprimé), de construire des graphes de co-expression entre gènes, et d'appliquer une méthode de décomposition par entropie minimale (MED) pour regrouper les gènes partageant des profils d'expression similaires. Les résultats sont visualisables sous forme d'arbres MED et de graphes, facilitant l'identification de gènes d'intérêt biologique.

Ce projet propose une analyse comparative des approches graphiques existantes pour représenter la variabilité dans les systèmes logiciels. Il recense et évalue différentes méthodes de modélisation (arbres, graphes, diagrammes de fonctionnalités) afin d'aider les développeurs et chercheurs à choisir la représentation la plus adaptée à leurs besoins. L'objectif est de clarifier les relations entre éléments et d'identifier les outils les plus pertinents pour visualiser des architectures logicielles complexes.

Outil de contrôle à distance universel permettant de superviser et configurer des solveurs (SAT, PB ou CP) implémentant l'interface Universe. Il offre une interface graphique pour ajuster les paramètres des solveurs en temps réel, visualiser leurs statistiques dynamiques et explorer l'arbre de recherche. Destiné aux développeurs pour le débogage et aux utilisateurs finaux pour optimiser les performances des solveurs sur des problèmes spécifiques.

Le projet ofrlex vise à fournir des outils d'analyse et de traitement de sources lexicales, permettant la construction d'un dictionnaire étymologique et la recherche de mots dans des corpus textuels. Il s'appuie sur plusieurs sources lexicales, dont FroLex, les lemmes Tobler-Lommatzsch, TCAF4 et enwiktionary, ainsi que sur des arbres syntaxiques annotés (SRCMF treebank) et d'autres données textuelles.

Bibliothèque C++ dédiée à la manipulation de structures arborescentes avec partage maximal (hash-consing). Elle permet de gérer des arbres immuables où deux structures identiques partagent le même pointeur, optimisant ainsi la mémoire et les performances. Elle inclut des outils pour les symboles, listes, ensembles, environnements, arbres récursifs et des primitives de réécriture. Utilisée notamment dans le compilateur Faust pour des analyses et transformations de syntaxe.

Ce projet propose un pipeline computationnel pour analyser les relations de synténie entre génomes de différentes espèces. Il permet d'identifier les orthogroupes (groupes de gènes issus d'un même ancêtre commun) et de construire des arbres phylogénétiques. Le pipeline intègre des outils pour aligner des séquences génomiques, détecter des blocs synteniques et visualiser les résultats via des outils comme Synvisio et Jbrowse. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en génomique comparative travaillant sur des espèces végétales ou animales.

PyXAI est une bibliothèque Python dédiée à l'IA explicable (XAI) pour les modèles d'apprentissage automatique basés sur des arbres (classification ou régression). Elle permet de générer des explications formelles, correctes et locales pour comprendre les décisions des modèles, tout en offrant des fonctionnalités de rectification pour corriger les incohérences entre les prédictions et les connaissances métier. L'outil s'adresse aux experts en data science et aux secteurs nécessitant une transparence accrue des algorithmes.

LINtree est un outil en ligne de commande écrit en Java pour inférer des arbres prefixes avec des longueurs de branche à partir de jeux de codes LIN (Marakeby et al. 2014; Vinatzer et al. 2017; Tian et al. 2020). Ces arbres LIN-basés sont très utiles pour refléter les relations (phylogénétiques) parmi les génomes encodés.

Ce projet permet d'analyser des systèmes bilinéaires en déterminant des bornes inférieures et supérieures pour leurs propriétés. Il offre des fonctionnalités avancées comme l'identification de motifs primitifs, la génération de certificats sous forme d'arbres, et l'optimisation des calculs via des méthodes comme le rayon spectral ou la gestion de systèmes épars. Les outils développés sont utiles pour la recherche en mathématiques appliquées ou en informatique théorique.