Methylome est un workflow FAIR optimisé pour l'étude du méthylome des génomes de poisson, utilisant Nexflow dsl2, Singularity et Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage à haut débit, l'alignement, la suppression des duplicats et l'appel de méthylation, grâce à Trim Galore, Bismark et bedGraphToBigWig.

Genome_aln est un workflow écrit en Nexflow dsl2, optimisé pour les ressources informatiques et destiné à être utilisé sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm. Il permet le prétraitement de données de séquençage d'ADN, y compris le contrôle de la qualité et le retranchement des adaptateurs, l'alignement des lectures sur un génome de référence, le filtrage des lectures et la normalisation des fichiers bigWig.

Fastp est un outil bio-informatique permettant le prétraitement de données génomiques au format FASTQ. Il offre des fonctionnalités complètes telles que le contrôle qualité, la suppression d'adaptateurs, le recoupement, le filtrage et le tri des séquences.

Le pipeline RNASeq est un outil d'analyse de données de séquençage RNA. Il permet de prétraiter les lectures, de vérifier leur qualité, de les mapper sur un génome de référence et de générer une table de comptage de gènes.