Ce projet vise à promouvoir la recherche reproductible en fournissant des outils et des méthodes pour l'analyse et la visualisation de données dans le domaine de la recherche agronomique et environnementale. Il est basé sur le langage de programmation R et propose une interface interactive pour faciliter l'utilisation des différents outils.

CNW-Grass est un modèle fonctionnel de structure végétale (FSPM) dédié à l'étude des graminées. Il simule la croissance des plantes en intégrant la morphogenèse, le métabolisme du carbone et de l'azote, ainsi que les flux d'eau. Le modèle prend en compte des paramètres pédoclimatiques (température, lumière, humidité, CO2, etc.) pour prédire le développement des organes végétaux, la photosynthèse, la transpiration et la sénescence. Il est utilisé en recherche agronomique pour optimiser les pratiques culturales et comprendre les interactions entre croissance végétale et environnement.

OpenAlea.Adel est un outil de modélisation et de simulation dédié à l'étude du développement architectural des plantes graminées. Il permet de reproduire en 3D la croissance et la morphologie des plantes, facilitant ainsi la recherche agronomique et l'analyse des interactions entre génétique et environnement. Les modèles intégrés, comme Adel-Maize et Adel-Wheat, aident à comprendre les mécanismes de développement végétal et à optimiser les pratiques culturales.

Le CATI CODEX est une plateforme web dédiée à la documentation et au partage de ressources techniques et scientifiques. Il vise à centraliser des connaissances et outils pour soutenir les activités de recherche, notamment dans les domaines de l'agronomie et de l'environnement. Développé par des équipes de l'INRAE, il facilite la collaboration entre chercheurs et experts.

Ce projet open source permet de transformer et structurer des données météorologiques brutes en formats adaptés pour des analyses scientifiques et agricoles. Il facilite l'utilisation de ces données dans des environnements Python et OpenAlea, notamment pour des applications en modélisation climatique, recherche agronomique ou gestion des ressources naturelles. Les données sont optimisées pour une intégration fluide dans des workflows de recherche ou des outils de décision.

Astk est une bibliothèque open source dédiée à la modélisation de la luminance du ciel et des sources lumineuses solaires. Elle permet de calculer des données d'irradiance et de position du soleil à partir de données météorologiques, utiles pour les modèles de simulation de lumière dans les plantes. Développée par des chercheurs, elle s'intègre dans des workflows de modélisation agronomique et de recherche en environnement.

Beyond Information System est une plateforme dédiée à la gestion, l'analyse et le partage de données de recherche en agronomie. Elle comprend un catalogue de métadonnées, un environnement Elasticsearch, un service JupyterHub pour les notebooks et un service Airflow pour la gestion des workflows.

Environnement Docker minimaliste pour déployer OpenSILEX, une plateforme open source dédiée à la gestion, l'analyse et la publication de données scientifiques en agronomie et sciences végétales. Permet de configurer et d'exécuter des instances locales ou collaboratives avec des outils comme MongoDB, RDF4J et des modules thématiques spécialisés pour différents domaines de recherche.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques issues de séquençage haut débit. Utilisé dans les laboratoires de génétique et les centres de recherche, il facilite l'interprétation des variations génétiques pour des applications en médecine personnalisée, en agronomie ou en écologie.

Établissement public d'enseignement supérieur et de recherche spécialisé en agronomie, médecine vétérinaire et sciences animales. Propose des formations d'ingénieur, vétérinaire et inspecteur de santé publique vétérinaire, ainsi qu'un centre hospitalier universitaire vétérinaire. Développe des activités de recherche, d'expertise et de transfert de technologies pour les secteurs agricoles et vétérinaires.